Update app.py
Browse files
app.py
CHANGED
|
@@ -42,7 +42,7 @@ def load_hf_encoder(repo_id, subfolder=None, base_tok=None):
|
|
| 42 |
"""
|
| 43 |
• repo_id : repositório HF ou caminho local
|
| 44 |
• subfolder : subpasta onde vivem pesos/config (None se não houver)
|
| 45 |
-
• base_tok : repo para o tokenizer
|
| 46 |
Converte tf_model.h5 → PyTorch on-the-fly (from_tf=True).
|
| 47 |
"""
|
| 48 |
if base_tok is None:
|
|
@@ -100,7 +100,7 @@ GO = mlb.classes_
|
|
| 100 |
st.set_page_config(page_title="Predição de Funções Moleculares de Proteínas",
|
| 101 |
page_icon="🧬", layout="centered")
|
| 102 |
|
| 103 |
-
#
|
| 104 |
st.markdown(
|
| 105 |
"""
|
| 106 |
<style>
|
|
@@ -108,14 +108,11 @@ st.markdown(
|
|
| 108 |
.block-container { padding-top: 1.5rem; }
|
| 109 |
textarea { font-size: 0.9rem !important; }
|
| 110 |
|
| 111 |
-
/* traço vertical entre
|
| 112 |
div[data-testid="column"]:first-child {
|
| 113 |
border-right: 1px solid #E0E0E0;
|
| 114 |
-
padding-right:
|
| 115 |
}
|
| 116 |
-
|
| 117 |
-
/* margem extra para o logo */
|
| 118 |
-
img.logo { margin-top: 0.5rem; }
|
| 119 |
</style>
|
| 120 |
""",
|
| 121 |
unsafe_allow_html=True
|
|
@@ -124,8 +121,7 @@ st.markdown(
|
|
| 124 |
# Logo (coloca logo.png na raiz do Space)
|
| 125 |
LOGO_PATH = "logo.png"
|
| 126 |
if os.path.exists(LOGO_PATH):
|
| 127 |
-
st.
|
| 128 |
-
unsafe_allow_html=True)
|
| 129 |
|
| 130 |
st.title("Predição de Funções Moleculares de Proteínas (GO:MF)")
|
| 131 |
|
|
@@ -143,49 +139,57 @@ def parse_fasta_multiple(fasta_str):
|
|
| 143 |
if not entry.strip():
|
| 144 |
continue
|
| 145 |
lines = entry.strip().splitlines()
|
| 146 |
-
if i > 0:
|
| 147 |
header = lines[0].strip()
|
| 148 |
seq = "".join(lines[1:]).replace(" ", "").upper()
|
| 149 |
-
else:
|
| 150 |
header = f"Seq_{i+1}"
|
| 151 |
seq = "".join(lines).replace(" ", "").upper()
|
| 152 |
if seq:
|
| 153 |
parsed.append((header, seq))
|
| 154 |
return parsed
|
| 155 |
|
| 156 |
-
# ——————————————————— FUNÇÕES AUXILIARES ——————————————————— #
|
| 157 |
def go_link(go_id, name=""):
|
| 158 |
-
"""
|
| 159 |
url = f"https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/term/{go_id}"
|
| 160 |
label = f"{go_id} — {name}" if name else go_id
|
| 161 |
return f"[{label}]({url})"
|
| 162 |
|
| 163 |
-
|
| 164 |
-
"""URL UniProt (primeiro token do header)."""
|
| 165 |
-
return f"https://www.uniprot.org/uniprotkb/{header.split()[0]}"
|
| 166 |
-
|
| 167 |
-
# ——————————————————— MOSTRAR RESULTADOS ——————————————————— #
|
| 168 |
def mostrar(header, y_pred):
|
| 169 |
-
"""
|
| 170 |
-
|
| 171 |
-
|
| 172 |
-
try:
|
| 173 |
-
st.link_button("🔗 Ver na UniProt", uni_url(header), type="primary")
|
| 174 |
-
except AttributeError:
|
| 175 |
-
st.markdown(f"[🔗 Ver na UniProt]({uni_url(header)})")
|
| 176 |
|
| 177 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 178 |
|
| 179 |
col1, col2 = st.columns(2)
|
| 180 |
|
| 181 |
-
#
|
| 182 |
with col1:
|
| 183 |
st.markdown(f"**GO terms com prob ≥ {THRESH}**")
|
| 184 |
hits = mlb.inverse_transform((y_pred >= THRESH).astype(int))[0]
|
| 185 |
if hits:
|
| 186 |
for go_id in hits:
|
| 187 |
name, defin = GO_INFO.get(go_id, ("— sem nome —", ""))
|
| 188 |
-
defin = re.sub(r'^\\s
|
| 189 |
defin or "")
|
| 190 |
st.markdown(f"- {go_link(go_id, name)}")
|
| 191 |
if defin:
|
|
@@ -193,7 +197,7 @@ def mostrar(header, y_pred):
|
|
| 193 |
else:
|
| 194 |
st.code("— nenhum —")
|
| 195 |
|
| 196 |
-
#
|
| 197 |
with col2:
|
| 198 |
st.markdown(f"**Top {TOP_N} GO terms mais prováveis**")
|
| 199 |
for rank, idx in enumerate(np.argsort(-y_pred[0])[:TOP_N], start=1):
|
|
@@ -210,22 +214,23 @@ if predict_clicked:
|
|
| 210 |
|
| 211 |
for header, seq in parsed_seqs:
|
| 212 |
with st.spinner(f"A processar {header}… (pode demorar alguns minutos)"):
|
| 213 |
-
#
|
| 214 |
emb_pb = embed_seq(FINETUNED_PB, seq, CHUNK_PB)
|
| 215 |
emb_bfd = embed_seq(FINETUNED_BFD, seq, CHUNK_PB)
|
| 216 |
emb_esm = embed_seq(BASE_ESM, seq, CHUNK_ESM)
|
| 217 |
|
| 218 |
-
#
|
| 219 |
y_pb = mlp_pb.predict(emb_pb)
|
| 220 |
y_bfd = mlp_bfd.predict(emb_bfd)
|
| 221 |
y_esm = mlp_esm.predict(emb_esm)[:, :597] # alinhar nº de termos
|
| 222 |
|
|
|
|
| 223 |
X = np.concatenate([y_pb, y_bfd, y_esm], axis=1)
|
| 224 |
y_ens = stacking.predict(X)
|
| 225 |
|
| 226 |
mostrar(header, y_ens)
|
| 227 |
|
| 228 |
-
# ——————————————————— LISTA COMPLETA ——————————————————— #
|
| 229 |
with st.expander("Mostrar lista completa dos 597 GO terms possíveis", expanded=False):
|
| 230 |
cols = st.columns(3)
|
| 231 |
for i, go_id in enumerate(GO):
|
|
|
|
| 42 |
"""
|
| 43 |
• repo_id : repositório HF ou caminho local
|
| 44 |
• subfolder : subpasta onde vivem pesos/config (None se não houver)
|
| 45 |
+
• base_tok : repo para o tokenizer (None => usa repo_id)
|
| 46 |
Converte tf_model.h5 → PyTorch on-the-fly (from_tf=True).
|
| 47 |
"""
|
| 48 |
if base_tok is None:
|
|
|
|
| 100 |
st.set_page_config(page_title="Predição de Funções Moleculares de Proteínas",
|
| 101 |
page_icon="🧬", layout="centered")
|
| 102 |
|
| 103 |
+
# Fundo branco + separador de colunas
|
| 104 |
st.markdown(
|
| 105 |
"""
|
| 106 |
<style>
|
|
|
|
| 108 |
.block-container { padding-top: 1.5rem; }
|
| 109 |
textarea { font-size: 0.9rem !important; }
|
| 110 |
|
| 111 |
+
/* traço vertical entre primeiras colunas */
|
| 112 |
div[data-testid="column"]:first-child {
|
| 113 |
border-right: 1px solid #E0E0E0;
|
| 114 |
+
padding-right: 1rem !important;
|
| 115 |
}
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 116 |
</style>
|
| 117 |
""",
|
| 118 |
unsafe_allow_html=True
|
|
|
|
| 121 |
# Logo (coloca logo.png na raiz do Space)
|
| 122 |
LOGO_PATH = "logo.png"
|
| 123 |
if os.path.exists(LOGO_PATH):
|
| 124 |
+
st.image(LOGO_PATH, width=180)
|
|
|
|
| 125 |
|
| 126 |
st.title("Predição de Funções Moleculares de Proteínas (GO:MF)")
|
| 127 |
|
|
|
|
| 139 |
if not entry.strip():
|
| 140 |
continue
|
| 141 |
lines = entry.strip().splitlines()
|
| 142 |
+
if i > 0: # bloco típico FASTA
|
| 143 |
header = lines[0].strip()
|
| 144 |
seq = "".join(lines[1:]).replace(" ", "").upper()
|
| 145 |
+
else: # sequência sem '>'
|
| 146 |
header = f"Seq_{i+1}"
|
| 147 |
seq = "".join(lines).replace(" ", "").upper()
|
| 148 |
if seq:
|
| 149 |
parsed.append((header, seq))
|
| 150 |
return parsed
|
| 151 |
|
| 152 |
+
# ——————————————————— FUNÇÕES AUXILIARES DE LAYOUT ——————————————————— #
|
| 153 |
def go_link(go_id, name=""):
|
| 154 |
+
"""Cria link para página do GO term (QuickGO)."""
|
| 155 |
url = f"https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/term/{go_id}"
|
| 156 |
label = f"{go_id} — {name}" if name else go_id
|
| 157 |
return f"[{label}]({url})"
|
| 158 |
|
| 159 |
+
# ——————————————————— FUNÇÃO PRINCIPAL DE RESULTADOS ——————————————————— #
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 160 |
def mostrar(header, y_pred):
|
| 161 |
+
"""Mostra resultados (botão UniProt + duas colunas)."""
|
| 162 |
+
prot_id = header.split()[0]
|
| 163 |
+
prot_url = f"https://www.uniprot.org/uniprotkb/{prot_id}"
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 164 |
|
| 165 |
+
with st.expander(header, expanded=True):
|
| 166 |
+
# Botão «Visitar UniProt»
|
| 167 |
+
st.markdown(
|
| 168 |
+
f"""
|
| 169 |
+
<div style="text-align:right; margin-bottom:0.5rem;">
|
| 170 |
+
<a href="{prot_url}" target="_blank">
|
| 171 |
+
<button style="
|
| 172 |
+
background:#2b8cbe;border:none;border-radius:4px;
|
| 173 |
+
padding:0.35rem 0.8rem;color:#fff;font-size:0.9rem;
|
| 174 |
+
cursor:pointer;">
|
| 175 |
+
Visitar UniProt
|
| 176 |
+
</button>
|
| 177 |
+
</a>
|
| 178 |
+
</div>
|
| 179 |
+
""",
|
| 180 |
+
unsafe_allow_html=True
|
| 181 |
+
)
|
| 182 |
|
| 183 |
col1, col2 = st.columns(2)
|
| 184 |
|
| 185 |
+
# ——— coluna 1 : termos acima do threshold
|
| 186 |
with col1:
|
| 187 |
st.markdown(f"**GO terms com prob ≥ {THRESH}**")
|
| 188 |
hits = mlb.inverse_transform((y_pred >= THRESH).astype(int))[0]
|
| 189 |
if hits:
|
| 190 |
for go_id in hits:
|
| 191 |
name, defin = GO_INFO.get(go_id, ("— sem nome —", ""))
|
| 192 |
+
defin = re.sub(r'^\\s*"?(.+?)"?\\s*(\\[[^\\]]*\\])?\\s*$', r'\\1',
|
| 193 |
defin or "")
|
| 194 |
st.markdown(f"- {go_link(go_id, name)}")
|
| 195 |
if defin:
|
|
|
|
| 197 |
else:
|
| 198 |
st.code("— nenhum —")
|
| 199 |
|
| 200 |
+
# ——— coluna 2 : top-N mais prováveis
|
| 201 |
with col2:
|
| 202 |
st.markdown(f"**Top {TOP_N} GO terms mais prováveis**")
|
| 203 |
for rank, idx in enumerate(np.argsort(-y_pred[0])[:TOP_N], start=1):
|
|
|
|
| 214 |
|
| 215 |
for header, seq in parsed_seqs:
|
| 216 |
with st.spinner(f"A processar {header}… (pode demorar alguns minutos)"):
|
| 217 |
+
# ———————————— EMBEDDINGS ———————————— #
|
| 218 |
emb_pb = embed_seq(FINETUNED_PB, seq, CHUNK_PB)
|
| 219 |
emb_bfd = embed_seq(FINETUNED_BFD, seq, CHUNK_PB)
|
| 220 |
emb_esm = embed_seq(BASE_ESM, seq, CHUNK_ESM)
|
| 221 |
|
| 222 |
+
# ———————————— PREDIÇÕES MLPs ———————————— #
|
| 223 |
y_pb = mlp_pb.predict(emb_pb)
|
| 224 |
y_bfd = mlp_bfd.predict(emb_bfd)
|
| 225 |
y_esm = mlp_esm.predict(emb_esm)[:, :597] # alinhar nº de termos
|
| 226 |
|
| 227 |
+
# ———————————— STACKING ———————————— #
|
| 228 |
X = np.concatenate([y_pb, y_bfd, y_esm], axis=1)
|
| 229 |
y_ens = stacking.predict(X)
|
| 230 |
|
| 231 |
mostrar(header, y_ens)
|
| 232 |
|
| 233 |
+
# ——————————————————— LISTA COMPLETA DE TERMOS SUPORTADOS ——————————————————— #
|
| 234 |
with st.expander("Mostrar lista completa dos 597 GO terms possíveis", expanded=False):
|
| 235 |
cols = st.columns(3)
|
| 236 |
for i, go_id in enumerate(GO):
|