def setUp(self):
scipy.random.seed(<NUM_LIT:1>)<EOL>random.seed(<NUM_LIT:1>)<EOL>nsites = <NUM_LIT:1><EOL>minpref = <NUM_LIT><EOL>self.prefs = []<EOL>for r in range(nsites):<EOL><INDENT>rprefs = scipy.random.dirichlet([<NUM_LIT>] * N_AA)<EOL>rprefs[rprefs < minpref] = minpref<EOL>rprefs[<NUM_LIT:0>] = rprefs[<NUM_LIT:1>] + <NUM_LIT> <EOL>rprefs /= rprefs.sum()<EOL>self.prefs.append(dict(zip(sorted(AA_TO_INDEX.keys()), rprefs)))<EOL><DEDENT>self.expcm_fitprefs = self.MODEL(self.prefs, <EOL>prior=('<STR_LIT>', <NUM_LIT>, <NUM_LIT:0.5>), kappa=<NUM_LIT>, omega=<NUM_LIT>,<EOL>phi=scipy.random.dirichlet([<NUM_LIT:5>] * N_NT))<EOL>assert len(self.expcm_fitprefs.zeta.flatten()) == nsites * (N_AA - <NUM_LIT:1>)<EOL>assert self.expcm_fitprefs.nsites == nsites<EOL>
Set up for tests.