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# Produit naturel
Un produit naturel est un composé chimique ou une substance produite par un organisme vivant, c'est-à-dire qui se trouve dans la nature,. Au sens le plus large, un produit naturel est toute substance produite par la vie,. Les produits naturels peuvent également être préparés par synthèse chimique (semi-synthèse et synthèse totale) et ont joué un rôle central dans le développement du domaine de la chimie organique en fournissant des cibles synthétiques difficiles. Le terme « produit naturel » a également été étendu à des fins commerciales pour désigner les cosmétiques, les compléments alimentaires et les aliments produits à partir de sources naturelles sans ingrédients artificiels ajoutés[source insuffisante].
Grâce aux améliorations techniques (programmes de criblage à haut débit, techniques de séparation et isolement), le nombre de produits naturels découverts au début du XXIe siècle dépasse le million (nombre sur-évalué par rapport à ce qui est accessible). 50 à 60 % de ces composés sont produits par les plantes et 5 % environ ont une origine microbienne. 20 à 25 % de ces produits sont des composés bioactifs naturels et près de 10 % sont isolés de micro-organismes (22 500 dont 9 000 sont issus des champignons),.
Dans le domaine de la chimie organique, la définition des produits naturels se limite d'habitude aux composés organiques purifiés isolés de sources naturelles qui sont produits par les voies du métabolisme primaire ou secondaire. Dans le domaine de la chimie médicale, la définition se limite souvent aux métabolites secondaires,. Les métabolites secondaires ne sont pas essentiels à la survie, mais procurent néanmoins aux organismes qui les produisent un avantage évolutif. De nombreux métabolites secondaires sont cytotoxiques et ont été sélectionnés et optimisés au cours de l'évolution pour être utilisés comme agents de « guerre chimique » contre les proies, les prédateurs et les organismes concurrents.
Les produits naturels ont parfois un effet thérapeutique bénéfique en tant que médicaments traditionnels pour le traitement des maladies, ce qui permet d'obtenir des connaissances pour en tirer des composants actifs en tant que composés tête de série (en) pour la découverte de médicaments (en). Bien que les produits naturels aient inspiré beaucoup des médicaments approuvés par l'Agence américaine des produits alimentaires et médicamenteux, leur mise au point (en) à partir de sources naturelles a fait l'objet d'une attention décroissante de la part des entreprises pharmaceutiques, en partie en raison d'un accès et d'un approvisionnement peu fiables, de problèmes de propriété intellectuelle, de la variabilité saisonnière ou environnementale de la composition et de la perte des sources causées par le rythme croissant d'extinction des espèces.

## Classes
La définition la plus large d'un produit naturel est qu'il s'agit de tout ce qui est produit par la vie,, y compris les matériaux biotiques (en) (p. ex. bois, soie), les matériaux d'origine biologique (p. ex. bioplastiques, amidon de maïs), les fluides corporels (p. ex. lait, exsudats végétaux) et d'autres matériaux naturels (en) (p. ex. sol, charbon). Une définition plus restrictive d'un produit naturel affirme qu'il s'agit un composé organique qui est synthétisé par un organisme vivant. Le reste du présent article se limite à cette définition plus étroite.
Les produits naturels peuvent être classés selon leur fonction biologique, leur voie de biosynthèse ou leur source, tels que décrit ci-dessous.

## Fonction
Selon la proposition originale d'Albrecht Kossel en 1891, les produits naturels sont souvent divisés en deux grandes classes : les métabolites primaires et secondaires,. Les métabolites primaires ont une fonction intrinsèque (propre) qui est essentielle à la survie de l'organisme qui les produit. En revanche, les métabolites secondaires ont une fonction extrinsèque (externe) qui affecte principalement d'autres organismes. Les métabolites secondaires ne sont pas essentiels à sa survie, mais ils augmentent la compétitivité de l'organisme dans son environnement. En raison de leur capacité à moduler les voies biochimiques et les voies de transduction du signal, certains métabolites secondaires ont des propriétés médicinales utiles.
Les produits naturels, en particulier dans le domaine de la chimie organique, sont souvent définis comme des métabolites primaires et secondaires. Une définition plus restrictive limitant les produits naturels aux métabolites secondaires est couramment utilisée dans les domaines de la chimie médicinale et de la pharmacognosie.

### Métabolites primaires
Les métabolites primaires tels que définis par Kossel sont des composants des voies métaboliques de base qui sont nécessaires à la vie. Ils sont associés à des fonctions cellulaires essentielles comme l'assimilation des nutriments, la production d'énergie et la croissance et le développement. Ils ont une large distribution d'espèces qui s'étendent sur de nombreux phyla et souvent plus d'un règne. Les métabolites primaires comprennent les glucides, les lipides, les acides aminés et les acides nucléiques, qui sont les éléments de base de la vie.
Les métabolites primaires impliqués dans la production d'énergie comprennent les enzymes respiratoires et photosynthétiques. Les enzymes à leur tour sont composées d'acides aminés et souvent de cofacteurs non peptidiques qui sont essentiels à la fonction enzymatique. La structure de base des cellules et des organismes est également composée de métabolites primaires. Il s'agit notamment des membranes cellulaires (par ex. des phospholipides), des parois cellulaires (par ex. la peptidoglycane ou la chitine) et des cytosquelettes (protéines).
Les cofacteurs enzymatiques des métabolites primaires comprennent des membres de la famille de la vitamine B. La vitamine B1 sous forme de diphosphate de thiamine est une coenzyme pour la pyruvate déshydrogénase, la 2-oxoglutarate déshydrogénase et la transcétolase qui sont toutes impliquées dans le métabolisme des glucides. La vitamine B2 (riboflavine) est un constituant de la FMN et de la FAD qui sont nécessaires pour de nombreuses réactions redox. La vitamine B3 (acide nicotinique ou niacine), synthétisée à partir du tryptophane, est un composant des coenzymes NAD+ et NADP+ qui sont à leur tour nécessaires au transport des électrons dans le cycle de Krebs, à la phosphorylation oxydative, ainsi que de nombreuses autres réactions redox. La vitamine B5 (acide pantothénique) est un constituant de la coenzyme A, un composant de base du métabolisme des glucides et des acides aminés ainsi que de la biosynthèse des acides gras et des polycétides. La vitamine B6 (pyridoxol, pyridoxal et pyridoxamine) comme le pyridoxal 5′-phosphate est un cofacteur de nombreuses enzymes, en particulier les transaminases impliquées dans le métabolisme des acides aminés. La vitamine B12 (cobalamines) contient un anneau de corrine de structure similaire à la porphyrine et est une coenzyme essentielle pour le catabolisme des acides gras ainsi que pour la biosynthèse de la méthionine:Chapitre 2.
L'ADN et l'ARN qui stockent et transmettent l'information génétique sont composés de métabolites primaires d'acides nucléiques.
Les premiers messagers sont des molécules de signalisation qui contrôlent le métabolisme ou la différenciation cellulaire. Ces molécules de signalisation comprennent des hormones et les facteurs de croissance sont à leur tour composés de peptides, d'amines biogènes, d'hormones stéroïdiennes, d'auxines, de gibbérellines, etc. Ces premiers messagers interagissent avec les récepteurs cellulaires qui sont composés de protéines. Les récepteurs cellulaires activent à leur tour des seconds messagers qui relaient le message extracellulaire aux cibles intracellulaires. Ces molécules de signalisation comprennent les métabolites primaires, les nucléotides cycliques (en), le diglycéride, etc.

### Métabolites secondaires
Contrairement aux métabolites primaires, les métabolites secondaires ne sont pas indispensables et ne sont pas absolument nécessaires à la survie. De plus, les métabolites secondaires ont généralement une distribution étroite des espèces.
Les métabolites secondaires ont un large éventail de fonctions. Il s'agit notamment des phéromones qui agissent comme molécules de signalisation sociale avec d'autres individus de la même espèce, des molécules de communication qui attirent et activent les organismes symbiotiques, des agents qui solubilisent et transportent les nutriments (tels que le sidérophores) et des armes concurrentes (tels que répulsifs, venins et toxines) qui sont utilisées contre leurs concurrents, proies et prédateurs. Pour de nombreux autres métabolites secondaires, la fonction est inconnue. Une hypothèse est qu'ils confèrent un avantage compétitif à l'organisme qui les produit. Selon un autre point de vue, par analogie avec le système immunitaire, ces métabolites secondaires n'ont pas de fonction spécifique, mais il est important d'avoir les machines en place pour produire ces diverses structures chimiques et quelques métabolites secondaires sont donc produits et sélectionnés pour cela.
Les classes structurales générales des métabolites secondaires comprennent les alcaloïdes, les phénylpropanoïdes, les polycétides et les terpénoïdes, qui sont décrits plus en détail dans la section sur la biosynthèse ci-dessous.

## Biosynthèse
Les voies de biosynthèse menant aux principales classes de produits naturels sont décrites ci-dessous,:Chapitre 2.
- Photosynthèse ou néoglucogenèse → oses → polysaccharides (cellulose, chitine, glycogène etc.)
- Voie de l'acétate → acides gras et polycétides
- Voie du shikimate → acides aminés aromatiques et phénylpropanoïdes
- Voie du mévalonate et methyletrythritol phosphate pathway → terpénoïdes et stéroïdes
- Acides aminés → alcaloïdes

### Glucides
Les glucides sont une source d'énergie essentielle pour la plupart des formes de vie. De plus, les polysaccharides formés à partir de glucides plus simples sont des composants importants de la structure de nombreux organismes tels que les parois cellulaires des bactéries et des plantes:Chapitre 8.
Les glucides sont les produits de la photosynthèse végétale et de la néoglucogenèse animale. La photosynthèse produit initialement du glycéraldéhyde-3-phosphate, un sucre contenant trois atomes de carbone (un triose):Chapitre 8. Ce triose peut à son tour être transformé en glucose (un sucre contenant six atomes de carbone) ou en une variété de pentoses (des sucres contenant cinq atomes de carbone) selon le cycle de Calvin. Chez l'animal, les précurseurs à trois atomes de carbone que sont le lactate ou le glycérol peuvent être transformés en pyruvate qui, à son tour, peut être transformé en glucides dans le foie:Chapitre 8[réf. à confirmer].

### Acides gras et polycétides
Par le processus de glycolyse, les sucres sont décomposés en acétyl-CoA. Dans une réaction enzymatique catalysée par l'ATP, l'acétyl-CoA est carboxylé pour former du malonyl-CoA. L'acétyl-CoA et le malonyl-CoA subissent une condensation de Claisen avec perte de dioxyde de carbone pour former l'acétoacétyl-CoA. D'autres réactions de condensation produisent successivement des chaînes poly-β-céto de poids moléculaire plus élevé qui sont ensuite converties en d'autres polycétides:Chapitre 3. Les produits naturels de la classe des polycétides ont des structures et des fonctions diverses et comprennent notamment les prostaglandines et les antibiotiques macrolides:Chapitre 3[réf. à confirmer].
Une molécule d'acétyl-CoA (l'« unité de départ ») et plusieurs molécules de malonyl-CoA (les « unités d'extension ») sont condensées par l'enzyme acide gras synthase pour produire des acides gras:Chapitre 3. Les acides gras sont des composants essentiels de la bicouche lipidique qui forme les membranes des cellules, ainsi que les réserves d'énergie sous forme de graisses chez les animaux:Chapitre 3[réf. à confirmer].

## Sources
Les produits naturels peuvent être extraits des cellules, tissus et sécrétions de micro-organismes, de plantes et d'animaux. Un extrait brut (non fractionné) de l'une ou l'autre de ces sources contiendra une gamme de composés chimiques à la structure variée et souvent nouvelle. La diversité chimique dans le milieu naturel est basée sur la diversité biologique. Du coup, les chercheurs parcourent le monde pour obtenir des échantillons à analyser et à évaluer dans le cadre d'essais biologiques (en) ou d'essais pour découvrir des médicaments. Cet effort de recherche de produits naturels est connu sous le nom de bioprospection[réf. souhaitée].
La pharmacognosie fournit les outils nécessaires pour identifier, sélectionner et traiter les produits naturels destinés à un usage médical. Habituellement, le composé du produit naturel a une certaine forme d'activité biologique et ce composé est connu sous le nom de principe actif - une telle structure peut évoluer pour devenir une découverte de « tête de série ». De cette façon et par d'autres moyens, certains médicaments actuels sont obtenus directement de sources naturelles[réf. souhaitée].
D'autre part, certains médicaments sont développés à partir du produit tête de série naturel obtenu à l'origine de la source naturelle. Ce qui veut dire que la tête de série peut être[réf. souhaitée] :
- produite par synthèse totale, ou
- un point de départ (précurseur) pour un composé semi-synthétique, ou
- un cadre qui sert de base à un composé structurellement différent obtenu par synthèse totale ou partielle.

Ces différences s'expliquent par le fait que de nombreux produits naturels biologiquement actifs sont des métabolites secondaires aux structures chimiques souvent complexes. Cela présente l'avantage d'avoir de nouveaux composés, mais cette complexité rend également difficile leur synthèse ; au lieu de cela, le composé peut avoir besoin d'être extrait de sa source naturelle - un processus lent, coûteux et inefficace. il est du coup souvent plus avantageux de concevoir des analogues plus simples[réf. souhaitée].

### Procaryote

#### Bactéries
La découverte fortuite de la pénicilline et le succès clinique qui a suivi ont incité à la recherche à grande échelle d'autres micro-organismes environnementaux qui pourraient produire des produits naturels anti-infectieux. Des échantillons de sol et d'eau ont été prélevés dans le monde entier, ce qui a conduit à la découverte de la streptomycine (dérivée de Streptomyces griseus) et à la prise de conscience que les bactéries, et pas seulement les champignons, représentent une source importante de produits naturels pharmacologiquement actifs. Ceci, à son tour, a conduit au développement d'un arsenal important d'agents antibactériens et antifongiques dont l'amphotéricine B, le chloramphénicol, la daptomycine et la tétracycline (de Streptomyces spp.), les polymyxines (de Paenibacillus polymyxa) et les rifamycine(d'Amycolatopsis rifamycinica (en)).
Bien que la plupart des médicaments dérivés de bactéries soient utilisés comme anti-infectieux, certains ont trouvé leur application dans d'autres domaines de la médecine. La toxine botulique (de Clostridium botulinum) et la bléomycine (de Streptomyces verticillus (en)) en sont deux exemples. Le botulinum, la neurotoxine responsable du botulisme, peut être injecté dans des muscles spécifiques (comme ceux qui contrôlent la paupière) pour prévenir les spasmes. De plus, la bléomycine glycopeptidique est utilisée pour le traitement de plusieurs cancers dont le lymphome de Hodgkin, le cancer de la tête et du cou et le cancer du testicule. Parmi les nouvelles tendances dans le domaine se trouvent le profilage métabolique et l'isolement de produits naturels à partir de nouvelles espèces bactériennes présentes dans des environnements sous-explorés. Il s'agit par exemple de symbiotes ou d'endophytes provenant de milieux tropicaux, de bactéries souterraines que l'on trouve dans les profondeurs du sous-sol grâce à l'exploitation minière ou aux forages,, et de bactéries marines.

#### Archées
Parce que beaucoup d'archées se sont adaptées à la vie dans des environnements extrêmes tels que les régions polaires, les sources chaudes, les sources acides, les sources alcalines, les lacs salés et la haute pression des eaux océaniques profondes (en), elles possèdent des enzymes qui sont capables de fonctionner dans des conditions plutôt inhabituelles. Ces enzymes sont potentiellement utiles dans les industries alimentaire, chimique et pharmaceutique, où les processus biotechnologiques impliquent souvent des températures élevées, des pH extrêmes, des concentrations élevées en sel et/ou des pressions élevées. Parmi les enzymes identifiées à ce jour, on trouve les amylases, les pullulanases, les glycosyltransférases cyclodextrines, les cellulases, les xylanases, les chitinases, les protéases, l'alcool déshydrogénase et les esterases. Les archées représentent également une source de nouveaux composés chimiques, par exemple les éthers isoprénylglycériques 1 et 2 de Thermococcus S557 et Methanocaldococcus jannaschii (en), respectivement.

### Eucaryotes

#### Fungi
Plusieurs médicaments anti-infectieux ont été dérivés de champignons, dont la pénicilline et les céphalosporines (antibactériens de Penicillium chrysogenum et Cephalosporium acremonium (en), respectivement) et la griséofulvine (antifongiques de Penicillium griseofulvum). Parmi les autres métabolites fongiques médicinalement utiles se trouvent la lovastatine (de Pleurotus ostreatus), qui est devenue le précurseur d'une série de médicaments qui abaissent le taux de cholestérol, la ciclosporine (de Tolypocladium inflatum (en)), qui est utilisée pour supprimer la réponse immunitaire après une greffe d'organe, et l'ergométrine (de Claviceps spp.) qui agit comme vasoconstricteur et est utilisée pour prévenir le saignement à la naissance:Chapitre 6. L'asperlicine (d'Aspergillus alliaceus (en)) est un autre exemple. L'asperlicine est un nouvel antagoniste de la cholécystokinine, un neurotransmetteur que l'on croit impliqué dans les crises de panique, et pourrait être utilisé pour traiter l'anxiété[réf. souhaitée].

#### Plantes
Les plantes sont une source importante de composés chimiques (phytochimiques) complexes et très diversifiés sur le plan structurel, cette diversité structurelle étant attribuable en partie à la sélection naturelle d'organismes produisant des composés puissants pour dissuader les herbivores (agents de dissuasion de l'alimentation). Les principales classes de substances phytochimiques comprennent les phénols, les polyphénols, les tanins, les terpènes et les alcaloïdes. Bien que le nombre de plantes ayant fait l'objet d'études approfondies soit relativement faible, de nombreux produits naturels pharmacologiquement actifs ont déjà été identifiés. Parmi les exemples cliniquement utiles, citons les agents anticancéreux paclitaxel et omacétaxine mepesuccinate (respectivement de l'If de l'Ouest et de Cephalotaxus harringtonia), l'agent antipaludique artémisinine (de l'armoise annuelle) et d'un Anticholinestérase, la galantamine (de Galanthus spp.), utilisée pour traiter la maladie d'Alzheimer. La morphine, la cocaïne, la quinine, la tubocurarine, la muscarine et la nicotine sont d'autres drogues d'origine végétale, utilisées à des fins médicinales ou récréatives:Chapitre 6.

#### Animaux
Les animaux représentent également une source de produits naturels bioactifs. En particulier, les animaux venimeux comme les serpents, les araignées, les scorpions, les chenilles, les abeilles, les guêpes, les mille-pattes, les fourmis, les crapauds et les grenouilles ont beaucoup attiré l'attention. En effet, les constituants du venin (peptides, enzymes, nucléotides, lipides, ou encore amines biogènes) ont souvent des interactions très spécifiques avec une cible macromoléculaire de l'organisme (par ex. l'α-bungarotoxine de cobra),. Comme dans le cas des produits des plantes devant dissuader de se faire manger, cette activité biologique est attribuée à la sélection naturelle, les organismes capables de tuer ou de paralyser leurs proies et/ou de se défendre contre les prédateurs étant plus susceptibles de survivre et de se reproduire.
En raison de ces interactions chimiques spécifiques, les constituants du venin se sont révélés des outils importants pour l'étude des récepteurs, des canaux ioniques et des enzymes. Dans certains cas, ils ont également servi de chefs de file dans la mise au point de nouveaux médicaments. Par exemple, le téprotide, un peptide isolé à partir du venin du crotale brésilien Bothrops jararaca, a joué un rôle de premier plan dans le développement d'agents antihypertenseurs, le cilazapril (en) et le captopril. De plus, l'échistatine, une désintégrine (en) provenant du venin de la vipère Echis carinatus, a joué un rôle de premier plan dans le développement du tirofiban, un médicament antiplaquettaire.
En plus des animaux terrestres (en) et des amphibiens décrits ci-dessus, de nombreux animaux marins ont été examinés à la recherche de produits naturels pharmacologiquement actifs, avec des coraux, des éponges, des tuniciers, des bigorneaux et des bryozoaires produisant des produits chimiques aux activités analgésiques, antivirales et anticancéreuses intéressantes. Deux exemples d'utilisation clinique ont été développés : l'ω-conotoxine (de l'escargot marin Conus magus),  et l'ecteinascidin 743 (du tunicier Ecteinascidia turbinata (en)). La première, la ω-conotoxine, est utilisée pour soulager les douleurs sévères et chroniques,, tandis que la seconde, l'ecteinascidine 743 est utilisée pour traiter le sarcome métastatique des tissus mous. Parmi d'autres produits naturels dérivés d'animaux marins et faisant l'objet d'études comme thérapies possibles, on trouve des agents antitumoraux tels que le discodermolide (de l'éponge Discodermia dissoluta), l'éluthérobine (en) (du corail Erythropodium caribaeorum (en)) et les bryostatines (en) (du bryozoaire Bugula neritina (en)).

## Utilisations médicale
Les produits naturels ont parfois une activité pharmacologique qui peut être bénéfique sur le plan thérapeutique dans le traitement des maladies. En tant que tels, les produits naturels sont les composants actifs de nombreuses médecines traditionnelles,,,,. De plus, il est possible de préparer des analogues synthétiques de produits naturels ayant une puissance et une sécurité améliorées et, par conséquent, les produits naturels sont souvent utilisés comme points de départ pour la découverte de médicaments (en). Les constituants des produits naturels ont inspiré de nombreux efforts de découverte de médicaments qui ont finalement été approuvés en tant que nouveaux médicaments par l'Agence américaine des produits alimentaires et médicamenteux,.

### Médecine traditionnelle
Les peuples autochtones et les civilisations anciennes ont fait des expériences avec diverses parties de plantes et d'animaux pour déterminer les effets qu'elles pouvaient avoir. Par tâtonnements et dans des cas très isolés, les guérisseurs ou chamans ont trouvé des sources d'effet thérapeutique, représentant la connaissance d'un médicament brut (en) qui se transmet de génération en génération dans des pratiques comme la médecine traditionnelle chinoise et l'Ayurveda. Des extraits de certains produits naturels ont conduit à la découverte moderne de leurs principes actifs et, en bout de route, à la mise au point de nouveaux médicaments.

### Médicaments modernes dérivés de produits naturels
Un grand nombre de médicaments actuellement prescrits sont soit directement dérivés de produits naturels, soit inspirés de produits naturels,. En voici quelques exemples représentatifs.
Certains des médicaments à base de produits naturels les plus anciens sont des analgésiques. L'écorce du saule est connue depuis l'Antiquité pour ses propriétés analgésiques. Cela s'explique par la présence de la salicine, un produit naturel qui peut à son tour être hydrolysé en acide salicylique. Un dérivé synthétique de l'acide acétylsalicylique, mieux connu sous le nom d'aspirine, est un analgésique largement utilisé. Son mécanisme d'action est l'inhibition de l'enzyme cyclo-oxygénase (COX). Un autre exemple notable est l'opium extrait du latex du Pavot somnifère. Le composant narcotique le plus puissant de l'opium est la morphine, un alcaloïde qui agit comme un agoniste des récepteurs opiacés. Un exemple plus récent est le ziconotide, un analgésique  bloqueur des canaux calciques de type N à base d'une toxine peptidique cyclique d'escargot cone (ω-conotoxine MVIIA) de l'espèce Conus magus.
Un nombre important d'anti-infectieux sont à base de produits naturels. Le premier antibiotique découvert, la pénicilline, a été isolé de la moisissure Penicillium. La pénicilline et les bêta-lactames apparentés agissent en inhibant l'enzyme DD-transpeptidase dont les bactéries ont besoin pour faire la liaison transversale du peptidoglycane afin de former la paroi cellulaire.
Plusieurs médicaments naturels ciblent la tubuline, qui est un composant du cytosquelette. Il s'agit notamment de l'inhibiteur de polymérisation de la tubuline, la colchicine, isolé à partir de la Colchique d'automne, qui est utilisé pour traiter la goutte. La colchicine est biosynthétisée à partir d'acides aminés, la phénylalanine et le tryptophane. Le paclitaxel, en revanche, est un stabilisateur de polymérisation de la tubuline et est utilisé comme médicament chimiothérapeutique. Le paclitaxel est basé sur un produit naturel terpénoïde, le taxol, qui est isolé de l'If de l'Ouest.
Les inhibiteurs de l'HMG-CoA réductase comme l'atorvastatine, sont une classe de médicaments largement utilisée pour abaisser le cholestérol. Ceux-ci ont été développés à partir de la mévastatine (en), un polycétide produit par le champignon Penicillium citrinum. Enfin, un certain nombre de médicaments naturels sont utilisés pour traiter l'hypertension et l'insuffisance cardiaque congestive. Il s'agit notamment du captopril, inhibiteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine. Le captopril est basé sur le facteur peptidique de potentialisation de la bradykinine isolé du venin de la vipère à tête fléchée du Brésil (Bothrops jararaca).

### Facteurs limitants et favorables
De nombreux défis limitent l'utilisation des produits naturels pour la découverte de médicaments, ce qui a amené les sociétés pharmaceutiques du XXIe siècle à préférer consacrer leurs efforts de découverte au criblage à haut débit de composés synthétiques purs avec des délais plus courts pour le perfectionnement. Les sources de produits naturels sont souvent peu fiables pour ce qui est de l'accès et de l'approvisionnement, ont une forte probabilité de dédoublement, suscitent des préoccupations en matière de propriété intellectuelle au sujet de la protection des brevets, leur composition varie en raison de la saison d'approvisionnement ou de l'environnement, et sont susceptibles de s'éteindre à un rythme croissant.
La ressource biologique pour la découverte de médicaments à partir de produits naturels demeure abondante, avec de faibles pourcentages de micro-organismes, d'espèces végétales et d'insectes évalués pour leur bioactivité. En très grand nombre, les bactéries et les micro-organismes marins ne sont toujours pas examinés,. En 2008, le domaine de la métagénomique a été proposé pour examiner les gènes et leur fonction dans les microbes du sol,, mais la plupart des entreprises pharmaceutiques n'ont pas exploité pleinement cette ressource, choisissant plutôt de développer une « synthèse axée sur la diversité » à partir de banques de médicaments connus ou de sources naturelles pour des composés à fort potentiel bioactivité.

## Isolement et purification
Tous les produits naturels sont à la base mélangés avec d'autres composés d'origine naturelle, souvent très complexes, à partir desquels le produit d'intérêt doit être isolé et purifié. Selon le contexte, l'isolement d'un produit naturel fait référence soit à l'isolement de quantités suffisantes de matière chimique pure pour l'élucidation de la structure chimique, la dérivation/chimie de dégradation, les essais biologiques et autres besoins de recherche (généralement des milligrammes aux grammes, mais historiquement, souvent plus)[réf. nécessaire], soit à l'isolement des « quantités analytiques » de la substance en question, lorsque l'accent est mis sur son identification et son dosage (par exemple, dans le tissu biologique ou un fluide) et que la quantité isolée est fonction de la méthode analytique appliquée (mais généralement toujours sous forme d'une quantité en microgramme).
La facilité avec laquelle l'agent actif peut être isolé et purifié dépend de la structure, de la stabilité et de la quantité du produit naturel. Les méthodes d'isolement appliquées pour obtenir ces deux échelles distinctes de produit sont également distinctes, mais impliquent généralement l'extraction, la précipitation, l'adsorption, la chromatographie et parfois la cristallisation. Dans les deux cas, la substance isolée est purifiée jusqu'à homogénéité chimique, c'est-à-dire que des méthodes de séparation et d'analyse combinées spécifiques telles que les méthodes LC-MS sont choisies pour être « orthogonales », c'est à-dire atteignant leurs séparations basées sur des modes d'interaction distincts entre la substance et la matrice isolante, dans le but de détecter à nouveau une seule espèce présente dans un échantillon pur hypothétique. L'isolement précoce est presque inévitablement suivi de la détermination de la structure, surtout si une activité pharmacologique importante est associée au produit naturel purifié[réf. souhaitée].
La détermination de la structure fait référence aux méthodes appliquées pour connaître la structure chimique d'un produit naturel pur et isolé, un processus qui implique un ensemble de méthodes chimiques et physiques qui ont changé de façon marquée au cours de l'histoire de la recherche sur les produits naturels ; au début, elles étaient axées sur la transformation chimique de substances inconnues en substances connues et la mesure des propriétés physiques, comme le point de fusion et d'ébullition, et des méthodes connexes pour déterminer le poids moléculaire[réf. nécessaire]. Dans l'ère moderne, les méthodes se concentrent sur la spectrométrie de masse et les méthodes de résonance magnétique nucléaire, souvent multidimensionnelles et, dans la mesure du possible, sur la cristallographie des petites molécules[réf. nécessaire]. Par exemple, la structure chimique de la pénicilline a été déterminée par Dorothy Crowfoot Hodgkin en 1945, travaux pour lesquels elle reçut le prix Nobel de chimie en 1964.

## Synthèse
De nombreux produits naturels ont des structures très complexes. La complexité perçue d'un produit naturel est une question qualitative, qui consiste à examiner sa masse moléculaire, la disposition particulière des sous-structures (tels que les groupes fonctionnels ou les anneaux) les unes par rapport aux autres, le nombre et la densité de ces groupes fonctionnels, la stabilité de ces groupes et de la molécule dans son ensemble, le nombre et le type des éléments stéréochimiques, les propriétés physiques des molécules et de leurs intermédiaires (qui influencent la facilité avec laquelle elles sont traitées et traitées), le tout dans le contexte du caractère nouveau de la structure et du succès des efforts synthétiques précédents (cf. infra).
Certains produits naturels, en particulier ceux qui sont moins complexes, sont faciles et rentables à préparer par synthèse chimique complète à partir d'ingrédients chimiques plus simples et facilement disponibles, un procédé appelé synthèse totale (surtout lorsque le procédé ne comporte aucune étape à laquelle interviennent des agents biologiques). Tous les produits naturels ne se prêtent pas à la synthèse totale, rentable ou non. En particulier, les plus complexes ne le sont souvent pas. Beaucoup sont accessibles, mais les voies nécessaires sont tout simplement trop coûteuses pour permettre une synthèse à toute échelle pratique ou industrielle. Toutefois, pour pouvoir être étudiés plus en profondeur, tous les produits naturels doivent être isolés et purifiés. Cela peut suffire si l'isolement permet d'obtenir des quantités appropriées du produit naturel pour l'usage auquel il est destiné (par ex. en tant que médicament pour soulager une maladie). Des médicaments comme la pénicilline, la morphine et le paclitaxel se sont révélés abordables à l'échelle commerciale nécessaire uniquement par des procédures d'isolement (sans qu'aucune chimie de synthèse importante n'y contribue)[réf. nécessaire]. Cependant, dans d'autres cas, les agents nécessaires ne sont pas disponibles sans manipulations chimiques synthétiques.

### Hémisynthèse
Le processus d'isolement d'un produit naturel de sa source peut être coûteux en termes de temps et de dépenses matérielles, et il peut remettre en question la disponibilité de la ressource naturelle dont on se sert, ou encore avoir des conséquences écologiques pour cette ressource. Par exemple, on a estimé que l'écorce d'un If de l'Ouest entier (Taxus brevifolia) devrait être récoltée pour extraire suffisamment de paclitaxel pour une seule dose de traitement. De plus, le nombre d'analogues structuraux pouvant être obtenus pour l'analyse structure-activité (en) par prélèvement simple (si plus d'un seul analogue structural est présent) est limité par la biologie à l'œuvre dans l'organisme, et donc hors du contrôle de l'expérimentateur.
Dans les cas où la cible ultime est plus difficile à atteindre ou limite l'analyse structure-activité, il est parfois possible de se procurer un précurseur ou un analogue biosynthétique, de stade intermédiaire à avancé, à partir duquel la cible ultime peut être préparée. C'est ce qu'on appelle l'hémisynthèse ou la synthèse partielle. Avec cette approche, l'intermédiaire biosynthétique correspondant est récolté et ensuite converti en produit final par des procédés conventionnels de synthèse chimique.
Cette stratégie peut avoir deux avantages. Premièrement, l'intermédiaire peut être extrait plus facilement, et avec un rendement plus élevé, que le produit final souhaité., Par exemple, le paclitaxel peut être fabriqué en extrayant la 10-désacétylbaccatine III (en) des aiguilles de l'If de l'Ouest, puis en effectuant une synthèse en quatre étapes[réf. nécessaire]. Deuxièmement, la voie conçue entre la matière première semi-synthétique et le produit final peut permettre la synthèse d'analogues du produit final. Les pénicillines semi-synthétiques de nouvelle génération illustrent les avantages de cette approche[réf. nécessaire].

### Synthèse totale
En général, la synthèse totale de produits naturels est une activité de recherche non commerciale qui a pour objectif d'approfondir la compréhension de la synthèse de cadres particuliers de produits naturels et à développer de nouvelles méthodes synthétiques fondamentales. Malgré cela, elle revêt une importance commerciale et sociétale considérable. En fournissant des cibles synthétiques exigeantes, par exemple, il a joué un rôle central dans le développement du domaine de la chimie organique,. Avant le développement des méthodes de chimie analytique au XXe siècle, les structures des produits naturels étaient affirmées par synthèse totale (ce que l'on appelle la « preuve de structure par synthèse »). Les premiers efforts de synthèse de produits naturels ont ciblé des substances complexes telles que la cobalamine (vitamine B12), un cofacteur essentiel du métabolisme cellulaire,.

### Symétrie
L'examen des produits naturels dimérisés et trimérisés a montré qu'un élément de symétrie bilatérale est souvent présent. La symétrie bilatérale fait référence à une molécule ou à un système qui contient une identité de groupe de points C2, Cs ou C2v. La symétrie C2 tend à être beaucoup plus abondante que les autres types de symétrie bilatérale. Cette découverte nous éclaire sur la façon dont ces composés pourraient être créés mécaniquement, tout en nous donnant un aperçu des propriétés thermodynamiques qui les rendent plus favorables. La théorie fonctionnelle de la densité (DFT), la Hartree-Fock et les calculs semi-empiriques montrent également une certaine favorabilité pour la dimérisation dans les produits naturels en raison de l'évolution de plus d'énergie par liaison que le trimère ou le tétramère équivalent. Il est proposé que cela soit dû à un obstacle stérique au cœur de la molécule, car la plupart des produits naturels dimérisent et trimérisent de façon tête-à-tête plutôt que tête-bêche.

## Recherche et enseignement
Les activités de recherche et d'enseignement liées aux produits naturels relèvent d'un certain nombre de domaines universitaires différents, notamment la chimie organique, la chimie pharmaceutique, la pharmacognosie, l'ethnobotanique, la médecine traditionnelle et l'ethnomédecine. Parmi les autres domaines biologiques se trouvent la biologie chimique, l'écologie chimique, la chimiogénomique et la biologie des systèmes.

### Chimie
La chimie des produits naturels est un domaine distinct de la recherche chimique qui a joué un rôle important dans l'histoire de la chimie, l'approvisionnement en substances dans les premières recherches précliniques sur la découverte de médicaments, la compréhension de la médecine traditionnelle et de l'ethnopharmacologie, l'évolution de la technologie associée aux séparations chimiques, le développement de méthodes modernes pour déterminer la structure chimique par résonance magnétique nucléaire et autres techniques, ainsi que pour identifier des zones pharmacologiquement utiles dans l'espace de diversité chimique[réf. nécessaire].
De plus, les produits naturels sont préparés par synthèse organique et ont joué un rôle central dans le développement du domaine de la chimie organique en fournissant des cibles et des problèmes extrêmement stimulants pour la stratégie et les techniques de synthèse,. À cet égard, les produits naturels jouent un rôle central dans la formation de nouveaux chimistes en synthèse organique et sont une motivation principale dans le développement de nouvelles variantes d'anciennes réactions chimiques telle que la réaction d'aldolisation, ainsi que dans la découverte de réactions chimiques complètement nouvelles comme la cis-hydroxylation de Woodward (en), l'époxydation de Sharpless, et les réactions croisées Suzuki-Miyaura)[réf. nécessaire].

### Biochimie
Des recherches sont en cours pour comprendre et manipuler les voies biochimiques impliquées dans la synthèse de produits naturels dans les plantes. On espère que ces connaissances permettront de produire de façon plus efficace et plus économique des phytochimiques utiles sur le plan médical, comme les alcaloïdes.

## Histoire

### Fondements de la chimie des produits organiques et naturels
Le concept de produit naturel remonte au début du XIXe siècle, lorsque les bases de la chimie organique ont été posées. Elle était considérée à l'époque comme la chimie des substances qui composent les plantes et les animaux. Il s 'agissait d'une forme relativement complexe de la chimie qui se dressait en contraste frappant avec la chimie inorganique, dont les principes avaient été établis en 1789 par le Français Antoine Lavoisier dans son livre Traité Élémentaire de Chimie.

### Isolement
Lavoisier a montré à la fin du XVIIIe siècle que les substances organiques comprenaient un nombre limité d'éléments : principalement du carbone et de l'hydrogène, complétés par l'oxygène et l'azote. Il s'est rapidement concentré sur l'isolement de ces substances, souvent parce qu'elles avaient une activité pharmacologique intéressante. Les plantes étaient la principale source de ces composés, en particulier les alcaloïdes et les glycosides. On savait depuis longtemps que l'opium, un mélange collant d'alcaloïdes (codéine, morphine, noscapine, thébaïne et papavérine) provenant du Pavot somnifère, possédait des propriétés narcotiques tout en modifiant l'humeur. En 1805, la morphine avait déjà été isolée par le chimiste allemand Friedrich Sertürner, puis on a découvert dans les années 1870 que l'ébullition del morphine avec de l'anhydride acétique produisait une substance ayant un fort effet antidouleur : l'héroïne. En 1815, Eugène Chevreul a isolé le cholestérol, une substance cristalline, à partir de tissus animaux appartenant à la classe des stéroïdes, tandis que la strychnine, un alcaloïde, a été isolée en 1820[réf. souhaitée].

### Synthèse
Une deuxième étape importante a été la synthèse des composés organiques. Alors que la synthèse de substances inorganiques était connue depuis longtemps, la synthèse de substances organiques était un obstacle difficile. En 1827, le chimiste suédois Jöns Jacob Berzelius soutenait qu'une force indispensable de la nature pour la synthèse des composés organiques, appelée « force vitale » était nécessaire. Cette idée philosophique, le vitalisme, avait jusqu'au XIXe siècle de nombreux partisans, même après l'introduction de la théorie atomique. L'idée du vitalisme s'accordait particulièrement bien avec les croyances de la médecine ; les pratiques de guérison les plus traditionnelles croyaient que la maladie était le résultat d'un certain déséquilibre dans les énergies vitales qui distingue la vie de la non-vie. En 1828, le chimiste allemand Friedrich Wöhler réussit à synthétiser l'urée, un produit naturel présent dans l'urine, en chauffant du cyanate d'ammonium, une substance inorganique, pour tenter de briser l'idée du vitalisme en science :
{\displaystyle \mathrm {NH_{4}OCN\ {\xrightarrow {\ \ 60^{\circ }C\ \ }}\ H_{2}NCONH_{2}} }
Cette réaction a prouvé qu'il n'y avait pas besoin d'une force vitale pour préparer des substances organiques. Mais cette idée a d'abord été accueillie avec beaucoup de scepticisme et ce n'est que 20 ans plus tard, avec la synthèse de l'acide acétique à partir du carbone par Hermann Kolbe, que l'idée fut acceptée. Depuis, la chimie organique est devenue un domaine de recherche indépendant consacré à l'étude des composés contenant du carbone, puisque cet élément commun a été détecté dans diverses substances d'origine naturelle. Un facteur important dans la caractérisation des matières organiques était basé sur leurs propriétés physiques (telles que le point de fusion, le point d'ébullition, la solubilité, la cristallinité ou la couleur)[réf. souhaitée].

### Théories structurelles
Une troisième étape a été l'élucidation de la structure des substances organiques : bien que la composition élémentaire des substances organiques pures (qu'elles soient d'origine naturelle ou synthétique) puisse être déterminée assez précisément, la structure moléculaire reste un problème. L'envie de l’élucider vient d'une controverse entre les chimistes Friedrich Wöhler et Justus von Liebig, qui ont tous les deux étudié un sel d'argent de la même composition, mais avec des propriétés différentes. Wöhler a étudié le cyanate d'argent, une substance inoffensive, tandis que von Liebig a étudié le fulminate d'argent, un sel aux propriétés explosives. L'analyse élémentaire montre que les deux sels contiennent des quantités égales d'argent, de carbone, d'oxygène et d'azote. Selon les idées qui prévalaient à l'époque, les deux substances devaient posséder les mêmes propriétés, mais ce n'était pas le cas.
Cette contradiction apparente a été résolue plus tard par la théorie des isomères de Berzélius qui affirme que non seulement le nombre et le type d'éléments sont importants pour les propriétés et la réactivité chimique, mais aussi la position des atomes dans un composé. C'est une cause directe du développement des théories structurelles, comme la théorie radicale de Jean-Baptiste Dumas et la théorie de la substitution d'Auguste Laurent. Toutefois, il a fallu attendre jusqu'en 1858 avant qu'August Kekulé ne formule une théorie de structure définitive. Il postule que le carbone est tétravalent et qu'il peut se lier à lui-même pour former des chaînes de carbone lorsqu'il est présent dans les produits naturels.

### Élargissement du concept
Le concept de produit naturel, initialement basé sur des composés organiques pouvant être isolés des plantes, a été étendu à la matière animale au milieu du XIXe siècle par l'Allemand Justus von Liebig. En 1884, Hermann Emil Fischer a porté son attention sur l'étude des glucides et des purines, travaux pour lesquels il a reçu le prix Nobel en 1902. Il a également réussi à fabriquer synthétiquement en laboratoire une variété d'hydrates de carbone, dont le glucose et le mannose. Après la découverte de la pénicilline par Alexander Fleming en 1928, les champignons et autres micro-organismes ont été ajoutés à l'arsenal des sources de produits naturels.

### Étapes clés
Dans les années 1930, plusieurs grandes catégories de produits naturels étaient connues. Parmi les découvertes importantes se trouvent notamment[réf. souhaitée]:
- les terpènes, d'abord systématiquement étudié par Otto Wallach (Prix Nobel 1910) et plus tard par Leopold Ružička (Prix Nobel 1939) ;
- les colorants à base de porphines (dont la chlorophylle et l'hème), étudiés par Richard Willstätter (Prix Nobel 1915) et Hans Fischer (Prix Nobel 1930) ;
- les stéroïdes, étudiés par Heinrich Otto Wieland (Prix Nobel 1927) et Adolf Windaus (Prix Nobel 1928) ;
- les caroténoïdes, étudiés par Paul Karrer (Prix Nobel 1937) ;
- les vitamines, étudiés notamment par Paul Karrer, Adolf Windaus, Robert R. Williams, Walter Norman Haworth (Prix Nobel 1937), Richard Kuhn (Prix Nobel 1938) et Albert Szent-Györgyi ;
- les hormones, étudiées par Adolf Butenandt (Prix Nobel 1939) et Edward Calvin Kendall (Prix Nobel 1950) ;
- les alcaloïdes et les anthocyanes, étudiés notamment par Robert Robinson (Prix Nobel 1947).

### Journaux scientifiques
- Chemistry of Natural Compounds (en)
- Journal of Natural Products
- Natural Product Reports
- Natural Product Research (en)

wikiname: frwiki

title: Produit naturel

in_language: fr

wikitext:
[[Fichier:Taxol.svg|droite|vignette|Le [[paclitaxel]] (Taxol) est un produit naturel dérivé de l'[[If de l'Ouest|if]]<ref name="CRC Press">{{Ouvrage|langue=en|auteurs=Cutler S, Cutler HG|titre=Biologically Active Natural Products|sous-titre=Pharmaceuticals|éditeur=[[CRC Press]]|année=2000|pages totales=296|passage=5|isbn=978-0-8493-1887-0|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=fOfFNOMkks8C&pg=PA5}}</ref>.]]
Un '''produit naturel''' est un [[composé chimique]] ou une [[Substance chimique|substance]] produite par un [[Organisme (physiologie)|organisme vivant]], c'est-à-dire qui se trouve dans la [[nature]]<ref name="url_Natural_product_Webster">{{lien web|url=http://www.thefreedictionary.com/natural+product|titre=Natural product|année=1913|auteur=Webster's Revised Unabridged Dictionary|éditeur=Free Online Dictionary and C. & G. Merriam Co.|extrait=A chemical substance produced by a living organism; - a term used commonly in reference to chemical substances found in nature that have distinctive pharmacological effects. Such a substance is considered a natural product even if it can be prepared by total synthesis.}}</ref>{{,}}<ref name="pmid17576412">{{article|titre=All natural|journal=Nature Chemical Biology|volume=3|numéro=7|pages=351|date=juillet 2007|pmid=17576412|doi=10.1038/nchembio0707-351|extrait="The simplest definition for a natural product is a small molecule that is produced by a biological source."}}</ref>. Au sens le plus large, un produit naturel est toute substance produite par la [[vie]]<ref name="Samuelson_1999">{{Ouvrage|auteur1=Samuelson G|titre=Drugs of Natural Origin|sous-titre=A Textbook of Pharmacognosy|éditeur=Taylor & Francis Ltd|année=1999|pages totales=551|isbn=978-91-86274-81-8}}</ref>{{,}}<ref name="urlNatural Products Research—Information for Researchers | NCCAM">{{lien web|NCCIH|url=http://nccih.nih.gov/grants/naturalproducts|titre=Natural Products Research—Information for Researchers|auteur=National Center for Complementary and Integrative Health|date=2013-07-13|éditeur=U.S. Department of Health & Human Services|extrait=Natural products include a large and diverse group of substances from a variety of sources. They are produced by marine organisms, bacteria, fungi, and plants. The term encompasses complex extracts from these producers, but also the isolated compounds derived from those extracts. It also includes vitamins, minerals and probiotics.}}</ref>. Les produits naturels peuvent également être préparés par [[synthèse chimique]] ([[Hémisynthèse|semi-synthèse]] et [[synthèse totale]]) et ont joué un rôle central dans le développement du domaine de la [[chimie organique]] en fournissant des cibles synthétiques difficiles. Le terme {{Citation|produit naturel}} a également été étendu [[Appel à la nature|à des fins commerciales]] pour désigner les cosmétiques, les compléments alimentaires et les aliments produits à partir de sources naturelles sans ingrédients artificiels ajoutés<ref name="url_NPF_about_us">{{lien web|url=http://www.naturalproductsfoundation.org/index.php?src=gendocs&ref=about_us&category=About|titre=About Us|éditeur=Natural Products Foundation|extrait=Natural products are represented by a wide array of consumer goods that continue to grow in popularity each year. These products include natural and organic foods, dietary supplements, pet foods, health and beauty products, "green" cleaning supplies and more. Generally, natural products are considered those formulated without artificial ingredients and that are minimally processed.|consulté le=2013-12-07}}</ref>{{Source insuffisante|date=11 janvier 2019}}.

Grâce aux améliorations techniques (programmes de [[criblage à haut débit]], techniques de [[Isolement (microbiologie)|séparation et isolement]]), le nombre de produits naturels découverts au début du {{s-|XXI}} dépasse le million (nombre sur-évalué par rapport à ce qui est accessible)<ref>{{article|prénom1=Adriano|nom1=Rutz|prénom2=Maria|nom2=Sorokina|prénom3=Jakub|nom3=Galgonek|prénom4=Daniel|nom4=Mietchen|titre=The LOTUS initiative for open knowledge management in natural products research|journal=eLife|volume=11|date=26 May 2022|pmid=35616633|doi=10.7554/eLife.70780|pages=e70780|nom5=Willighagen|prénom5=Egon|nom6=Gaudry|prénom6=Arnaud|nom7=Graham|prénom7=James G|nom8=Stephan|prénom8=Ralf|nom9=Page|prénom9=Roderic|nom10=Vondrášek|prénom10=Jiří|nom11=Steinbeck|prénom11=Christoph|nom12=Pauli|prénom12=Guido F|nom13=Wolfender|prénom13=Jean-Luc|nom14=Bisson|prénom14=Jonathan|nom15=Allard|prénom15=Pierre-Marie|s2cid=249064853}}</ref>. 50 à 60 % de ces composés sont produits par les plantes et 5 % environ ont une origine microbienne<ref name="Bérdy">{{Article|langue=en|auteur=János Bérdy|titre=Bioactive Microbial Metabolites. A Personal View|périodique=The Journal of Antibiotics|date=2005|volume=58|numéro=1|pages=1–26|doi=10.1038/ja.2005.1}}</ref>. 20 à 25 % de ces produits sont des [[Composé bioactif|composés bioactifs]] naturels et près de 10 % sont isolés de [[micro-organisme]]s ({{formatnum:22500}} dont {{formatnum:9000}} sont issus des [[Fungi|champignons]])<ref name="Bérdy"/>{{,}}<ref>{{Article|langue=en|auteur=AA Brakhage, V Schroeckh|titre=Fungal secondary metabolites - strategies to activate silent gene clusters|périodique=Fungal Genet Biol.|date=2011|volume=48|numéro=1|pages=15-22|doi=10.1016/j.fgb.2010.04.004}}</ref>.

Dans le domaine de la [[chimie organique]], la définition des produits naturels se limite d'habitude aux [[Composé organique|composés organiques]] purifiés isolés de sources naturelles qui sont produits par les voies du [[Métabolite primaire|métabolisme primaire]] ou [[Métabolite secondaire|secondaire]]<ref name="Hanson_2003">{{Ouvrage|auteur1=Hanson JR|titre=Natural Products|sous-titre=the Secondary Metabolite|lieu=Cambridge|éditeur=[[Royal Society of Chemistry]]|année=2003|isbn=0-85404-490-6}}{{Citation bloc|Natural products are organic compounds that are formed by living systems.}}</ref>. Dans le domaine de la [[Chimie pharmaceutique|chimie médicale]], la définition se limite souvent aux métabolites secondaires<ref>{{lien web|url=http://www.medilexicon.com/medicaldictionary.php?t=72549|série=[[Stedman's Medical Dictionary]]|éditeur=Lippincott Williams & Wilkins|titre=Natural Products|extrait=Natural products: naturally occurring compounds that are end products of secondary metabolism; often, they are unique compounds for particular organisms or classes of organisms.}}</ref>{{,}}<ref>{{Ouvrage|auteurs=Williams DA, Lemke TL|titre=Foye's Principles of Medicinal Chemistry|lieu=Philadelphie|éditeur=Lippincott Williams Wilkins|année=2002|numéro d'édition=5|passage=25|isbn=0-683-30737-1|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=KGLF4ZudTyAC&pg=PA25&q=Table+1.1|titre chapitre=Chapitre 1: Natural Products}}{{Citation bloc|Natural product: A single chemical compound that occurs naturally. This term is typically used to refer to an organic compound of limited distribution in nature (often called secondary metabolites).}}</ref>. Les métabolites secondaires ne sont pas essentiels à la survie, mais procurent néanmoins aux organismes qui les produisent un avantage évolutif<ref name="pmid1612430">{{article|auteurs=Maplestone RA, Stone MJ, Williams DH|titre=The evolutionary role of secondary metabolites--a review|journal=Gene|volume=115|numéro=1–2|pages=151–7|date=juin 1992|pmid=1612430|doi=10.1016/0378-1119(92)90553-2}}</ref>. De nombreux métabolites secondaires sont [[Cytotoxicité|cytotoxiques]] et ont été sélectionnés et optimisés au cours de l'évolution pour être utilisés comme agents de {{Citation|guerre chimique}} contre les proies, les prédateurs et les organismes concurrents<ref name="pmid18762775">{{article|langue=en|titre=Harnessing Nature's wisdom. Turning to Nature for inspiration and avoiding her follies|journal=EMBO Reports|volume=9|numéro=9|date=septembre 2008|pmid=18762775|pmc=2529361|doi=10.1038/embor.2008.160|pages=838–40|auteurs=Hunter P}}</ref>.

Les produits naturels ont parfois un effet thérapeutique bénéfique en tant que [[Médecine traditionnelle|médicaments traditionnels]] pour le traitement des maladies, ce qui permet d'obtenir des connaissances pour en tirer des composants actifs en tant que {{Lien|langue=en|trad=Lead compound|fr=Composé tête de série|texte=composés tête de série}} pour la {{Lien|langue=en|trad=Drug discovery|fr=Découverte de médicaments|texte=découverte de médicaments}}<ref name="Li_2009">{{article|langue=en|titre=Drug discovery and natural products: end of an era or an endless frontier?|journal=Science|volume=325|numéro=5937|date=juillet 2009|pmid=19589993|doi=10.1126/science.1168243|bibcode=2009Sci...325..161L|pages=161–5|auteurs=Li JW, Vederas JC}}</ref>. Bien que les produits naturels aient inspiré beaucoup des médicaments approuvés par l'[[Food and Drug Administration|Agence américaine des produits alimentaires et médicamenteux]], leur {{Lien|langue=en|trad=Drug development|fr=Mise au point de médicaments|texte=mise au point}} à partir de sources naturelles a fait l'objet d'une attention décroissante de la part des entreprises pharmaceutiques, en partie en raison d'un accès et d'un approvisionnement peu fiables, de problèmes de [[propriété intellectuelle]], de la variabilité saisonnière ou environnementale de la composition et de la perte des sources causées par le rythme croissant d'[[extinction des espèces]]<ref name="Li_2009" />.

== Classes ==
La définition la plus large d'un produit naturel est qu'il s'agit de tout ce qui est produit par la vie<ref name="Samuelson_1999" />{{,}}<ref name="Bhat_2005">{{Ouvrage|langue=en|auteurs=Bhat SV, Nagasampagi BA, Sivakumar M|titre=Chemistry of Natural Products|lieu=Berlin ; New York|éditeur=Springer|année=2005|isbn=81-7319-481-5}}</ref>, y compris les {{Lien|langue=en|trad=Biotic material|fr=Matériau biotique|texte=matériaux biotiques}} (p. ex. bois, soie), les [[Écomatériau|matériaux d'origine biologique]] (p. ex. [[bioplastique]]s, [[amidon de maïs]]), les [[Liquide biologique|fluides corporels]] (p. ex. [[lait]], [[Exsudat végétal|exsudats végétaux]]) et d'autres {{Lien|langue=en|trad=Natural material|fr=Matériau naturel|texte=matériaux naturels}} (p. ex. [[Sol (pédologie)|sol]], [[charbon]]). Une définition plus restrictive d'un produit naturel affirme qu'il s'agit un composé organique qui est [[Synthèse chimique|synthétisé]] par un organisme vivant<ref name="Hanson_2003" />. Le reste du présent article se limite à cette définition plus étroite.

Les produits naturels peuvent être classés selon leur fonction biologique, leur voie de biosynthèse ou leur source, tels que décrit ci-dessous.

== Fonction ==
Selon la proposition originale d'[[Albrecht Kossel]] en 1891<ref name="Kossel_1891">{{article|langue=de|auteur1=Albrecht Kossel|lien auteur1=Albrecht Kossel|titre=Ueber die chemische Zusammensetzung der Zelle|traduction titre=La Composition chimique de la cellule|journal=Archiv für Physiologie|lieu=Leipzig|éditeur=Veit & Comp.|année=1891|date=30 janvier 1891|url=https://archive.org/stream/archivfrphysio1891berl#page/n7/mode/2up|pages=181–186|auteurs=Kossel A}}</ref>, les produits naturels sont souvent divisés en deux grandes classes : les métabolites primaires et secondaires<ref name="Kliebenstein_2004">{{article|auteur=Kliebenstein DJ|titre=Secondary metabolites and plant/environment interactions: a view through ''Arabidopsis thaliana'' tinged glasses|journal=Plant, Cell and Environment|année=2004|volume=27|numéro=6|pages=675–684|doi=10.1111/j.1365-3040.2004.01180.x|extrait=In 1891, following Stahls work on plant biochemistry, Kossel suggested a distinction between basic and secondary metabolism (Stahl 1888).}}</ref>{{,}}<ref name="Karlovsky_2008">{{article|auteurs=Karlovsky P|titre=Secondary metabolites in soil ecology|année=2008|journal=Soil Biology|volume=14|pages=1–19|doi=10.1007/978-3-540-74543-3_1|extrait=The current, generally accepted concept in line with Kossel’s view is that primary metabolites are chemical components of living organisms that are vital for their normal functioning, while secondary metabolites are compounds which are dispensable.|collection=Soil Biology|isbn=978-3-540-74542-6}}</ref>. Les métabolites primaires ont une fonction intrinsèque (propre) qui est essentielle à la survie de l'organisme qui les produit. En revanche, les métabolites secondaires ont une fonction extrinsèque (externe) qui affecte principalement d'autres organismes. Les métabolites secondaires ne sont pas essentiels à sa survie, mais ils augmentent la compétitivité de l'organisme dans son environnement. En raison de leur capacité à moduler les voies biochimiques et les voies de [[transduction du signal]], certains métabolites secondaires ont des propriétés médicinales utiles.

Les produits naturels, en particulier dans le domaine de la [[chimie organique]], sont souvent définis comme des métabolites primaires et secondaires. Une définition plus restrictive limitant les produits naturels aux métabolites secondaires est couramment utilisée dans les domaines de la [[Chimie pharmaceutique|chimie médicinale]] et de la [[pharmacognosie]]<ref name="Bhat_2005" />.

=== Métabolites primaires ===
[[Fichier:Building_blocks_of_life.png|vignette|450x450px|Éléments constitutifs moléculaires de la vie]]
Les métabolites primaires tels que définis par Kossel sont des composants des voies métaboliques de base qui sont nécessaires à la vie. Ils sont associés à des fonctions cellulaires essentielles comme l'assimilation des nutriments, la production d'énergie et la croissance et le développement. Ils ont une large distribution d'espèces qui s'étendent sur de nombreux [[phyla]] et souvent plus d'un [[Règne (biologie)|règne]]. Les métabolites primaires comprennent les glucides, les lipides, les acides aminés et les acides nucléiques<ref name="Kliebenstein_2004" />{{,}}<ref name="Karlovsky_2008" /> qui sont les éléments de base de la vie<ref name="Rogers_2011">{{Ouvrage|auteur1=Rogers K|titre=The Components of Life|sous-titre=From Nucleic Acids to Carbohydrates|lieu=New York, NY|éditeur=Britannica Educational Publishing in association with Rosen Educational Services|année=2011|numéro d'édition=1|pages totales=264|isbn=978-1-61530-324-3|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=lXVNfLWpu_8C&printsec=frontcover}}</ref>.

Les métabolites primaires impliqués dans la production d'énergie comprennent les [[enzyme]]s [[respiratoire]]s et [[Photosynthèse|photosynthétiques]]. Les enzymes à leur tour sont composées d'[[Acide aminé|acides aminés]] et souvent de [[Cofacteur (biochimie)|cofacteurs]] non peptidiques qui sont essentiels à la fonction enzymatique<ref name="Lehninger_2013">{{Ouvrage|auteurs=Cox DL, Nelson MM|titre=Lehninger Principles of Biochemistry|lieu=New York, N.Y.|éditeur=W.H. Freeman|année=2013|numéro d'édition=6|pages totales=1198|isbn=978-1-4641-0962-1}}</ref>. La structure de base des cellules et des organismes est également composée de métabolites primaires. Il s'agit notamment des membranes cellulaires (par ex. des [[phospholipide]]s), des parois cellulaires (par ex. la [[peptidoglycane]] ou la [[chitine]]) et des [[cytosquelette]]s (protéines)<ref>{{Ouvrage|auteur1=Boal D|titre=Mechanics of the Cell|lieu=Cambridge, UK|éditeur=[[Cambridge University Press]]|année=2006|numéro d'édition=4th printing|pages totales=406|isbn=978-0-521-79681-1|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=yGacIqjmWVEC&printsec=frontcover}}</ref>.

Les cofacteurs enzymatiques des métabolites primaires comprennent des membres de la famille de la [[vitamine B]]. La [[vitamine B1]] sous forme de diphosphate de thiamine est une coenzyme pour la [[pyruvate déshydrogénase]], la [[Complexe alpha-cétoglutarate déshydrogénase|2-oxoglutarate déshydrogénase]] et la [[transcétolase]] qui sont toutes impliquées dans le [[métabolisme des glucides]]. La [[vitamine B2]] (riboflavine) est un constituant de la [[Flavine mononucléotide|FMN]] et de la [[FAD]] qui sont nécessaires pour de nombreuses réactions [[redox]]. La [[vitamine B3]] (acide nicotinique ou niacine), synthétisée à partir du tryptophane, est un composant des coenzymes [[NAD+]] et [[NADP|NADP+]] qui sont à leur tour nécessaires au transport des électrons dans le [[cycle de Krebs]], à la [[phosphorylation oxydative]], ainsi que de nombreuses autres réactions redox. La [[vitamine B5]] (acide pantothénique) est un constituant de la [[coenzyme A]], un composant de base du métabolisme des glucides et des acides aminés ainsi que de la [[biosynthèse des acides gras]] et des polycétides. La [[vitamine B6]] (pyridoxol, pyridoxal et pyridoxamine) comme le pyridoxal 5′-phosphate est un cofacteur de nombreuses enzymes, en particulier les transaminases impliquées dans le métabolisme des acides aminés. La [[vitamine B12]] (cobalamines) contient un anneau de [[corrine]] de structure similaire à la [[porphyrine]] et est une coenzyme essentielle pour le [[catabolisme]] des acides gras ainsi que pour la biosynthèse de la [[méthionine]]<ref name="Dewick_2009">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Dewick PM|titre=Medicinal Natural Products|sous-titre=A Biosynthetic Approach|lieu=Chichester|éditeur=[[John Wiley & Sons|Wiley]]|année=2009|numéro d'édition=3|isbn=978-0-470-74167-2}}</ref>{{rp|Chapitre 2}}.

L'[[ADN]] et l'[[ARN]] qui stockent et transmettent l'[[Séquence (acide nucléique)|information génétique]] sont composés de métabolites primaires d'acides nucléiques<ref name="Lehninger_2013" />.

Les [[Messager secondaire|premiers messagers]] sont des molécules de signalisation qui contrôlent le [[métabolisme]] ou la [[différenciation cellulaire]]. Ces molécules de signalisation comprennent des hormones et les facteurs de croissance sont à leur tour composés de peptides, d'[[Amine biogène|amines biogènes]], d'[[Hormone stéroïdienne|hormones stéroïdiennes]], d'[[auxine]]s, de [[gibbérelline]]s, etc. Ces premiers messagers interagissent avec les récepteurs cellulaires qui sont composés de protéines. Les récepteurs cellulaires activent à leur tour des [[Messager secondaire|seconds messagers]] qui relaient le message extracellulaire aux cibles intracellulaires. Ces molécules de signalisation comprennent les métabolites primaires, les {{Lien|trad=Cyclic nucleotide|fr=Nucléotide cyclique|langue=en|texte=nucléotides cycliques}}, le [[diglycéride]], etc<ref name="Sitaramayya_1999">{{Ouvrage|auteur1=Sitaramayya A|titre=Introduction to Cellular Signal Transduction|lieu=Boston|éditeur=Birkhäuser|année=1999|pages totales=311|isbn=978-0-8176-3982-2|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=cx7ps-dBU-QC&printsec=frontcover}}</ref>.

=== Métabolites secondaires ===
{{Article détaillé|Métabolite secondaire|}}
[[Fichier:Secondary_metabolite_class_examples.svg|vignette|400x400px|Exemples représentatifs de chacune des principales classes de métabolites secondaires.]]
Contrairement aux métabolites primaires, les métabolites secondaires ne sont pas indispensables et ne sont pas absolument nécessaires à la survie. De plus, les métabolites secondaires ont généralement une distribution étroite des espèces.

Les métabolites secondaires ont un large éventail de fonctions. Il s'agit notamment des [[phéromone]]s qui agissent comme molécules de signalisation sociale avec d'autres individus de la même espèce, des molécules de communication qui attirent et activent les organismes [[Symbiose|symbiotiques]], des agents qui solubilisent et transportent les nutriments (tels que le [[sidérophore]]s) et des armes concurrentes (tels que [[Allélopathie|répulsifs]], [[venin]]s et [[toxine]]s) qui sont utilisées contre leurs concurrents, proies et prédateurs<ref name="pmid11036689">{{article|titre=The natural functions of secondary metabolites|journal=Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology|volume=69|année=2000|isbn=978-3-540-67793-2|pmid=11036689|doi=10.1007/3-540-44964-7_1|pages=1–39|auteurs=Demain AL, Fang A|collection=Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology}}</ref>. Pour de nombreux autres métabolites secondaires, la fonction est inconnue. Une hypothèse est qu'ils confèrent un avantage compétitif à l'organisme qui les produit<ref name="pmid2693613">{{article|titre=Why are secondary metabolites (natural products) biosynthesized?|journal=Journal of Natural Products|volume=52|numéro=6|année=1989|pmid=2693613|doi=10.1021/np50066a001|pages=1189–208|auteurs=Williams DH, Stone MJ, Hauck PR, Rahman SK}}</ref>. Selon un autre point de vue, par analogie avec le système immunitaire, ces métabolites secondaires n'ont pas de fonction spécifique, mais il est important d'avoir les machines en place pour produire ces diverses structures chimiques et quelques métabolites secondaires sont donc produits et sélectionnés pour cela<ref name="Firn_2000">{{article|titre=The evolution of secondary metabolism - a unifying model|journal=Molecular Microbiology|volume=37|numéro=5|date=septembre 2000|pmid=10972818|doi=10.1046/j.1365-2958.2000.02098.x|url=http://www.caryinstitute.org/sites/default/files/public/reprints/Firn-Jones_2000.pdf|pages=989–94|auteurs=Firn RD, Jones CG}}</ref>.

Les classes structurales générales des métabolites secondaires comprennent les [[alcaloïde]]s, les [[phénylpropanoïde]]s, les [[polycétide]]s et les [[terpénoïde]]s<ref name="Hanson_2003" />, qui sont décrits plus en détail dans la section sur la biosynthèse ci-dessous.

== Biosynthèse ==
[[Fichier:Building_blocks_of_life_2.svg|vignette|765x765px|Biosynthèse de métabolites primaires et secondaires<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 2}}.]]
<br />{{Article détaillé|Biosynthèse|}}

Les voies de biosynthèse menant aux principales classes de produits naturels sont décrites ci-dessous<ref name="Bhat_2005" />{{,}}<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 2}}.<!-- chaque point ci-dessous devrait être détaillé dans sa propre sous-section -->
* [[Photosynthèse]] ou [[néoglucogenèse]] → [[ose]]s → [[polysaccharide]]s ([[cellulose]], [[chitine]], [[glycogène]] etc.)
* Voie de l'acétate → [[Acide gras|acides gras]] et [[polycétide]]s
* [[Voie du shikimate]] → acides aminés aromatiques et [[phénylpropanoïde]]s
* [[Voie du mévalonate]] et [[Voie du méthylérythritol phosphate|methyletrythritol phosphate pathway]] → [[terpénoïde]]s et [[stéroïde]]s
* Acides aminés → [[alcaloïde]]s

=== Glucides ===
Les [[glucide]]s sont une source d'énergie essentielle pour la plupart des formes de vie. De plus, les [[polysaccharide]]s formés à partir de glucides plus simples sont des composants importants de la structure de nombreux organismes tels que les [[Paroi cellulaire|parois cellulaires]] des bactéries et des plantes<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 8}}.

Les glucides sont les produits de la [[photosynthèse]] végétale et de la [[néoglucogenèse]] animale. La photosynthèse produit initialement du [[glycéraldéhyde-3-phosphate]], un sucre contenant trois atomes de carbone (un [[triose]])<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 8}}. Ce triose peut à son tour être transformé en [[glucose]] (un sucre contenant six atomes de carbone) ou en une variété de [[pentose]]s (des sucres contenant cinq atomes de carbone) selon le [[cycle de Calvin]]. Chez l'animal, les précurseurs à trois atomes de carbone que sont le [[lactate]] ou le [[glycérol]] peuvent être transformés en [[pyruvate]] qui, à son tour, peut être transformé en glucides dans le foie<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 8}}{{Référence à confirmer}}.

=== Acides gras et polycétides ===
Par le processus de [[glycolyse]], les sucres sont décomposés en [[Acétyl-coenzyme A|acétyl-CoA]]. Dans une [[réaction enzymatique]] [[Catalyse enzymatique|catalysée]] par l'[[Adénosine triphosphate|ATP]], l'acétyl-CoA est [[Carboxylation|carboxylé]] pour former du [[Malonyl-coenzyme A|malonyl-CoA]]. L'acétyl-CoA et le malonyl-CoA subissent une [[condensation de Claisen]] avec perte de [[dioxyde de carbone]] pour former l'[[Acétoacétyl-coenzyme A|acétoacétyl-CoA]]. D'autres réactions de condensation produisent successivement des chaînes poly-β-céto de poids moléculaire plus élevé qui sont ensuite converties en d'autres [[polycétide]]s<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 3}}. Les produits naturels de la classe des polycétides ont des structures et des fonctions diverses et comprennent notamment les [[prostaglandine]]s et les [[Macrolide|antibiotiques macrolides]]<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 3}}{{Référence à confirmer}}.

Une molécule d'acétyl-CoA (l'{{Citation|unité de départ}}) et plusieurs molécules de malonyl-CoA (les {{Citation|unités d'extension}}) sont condensées par l'enzyme [[acide gras synthase]] pour produire des [[Acide gras|acides gras]]<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 3}}. Les acides gras sont des composants essentiels de la [[bicouche lipidique]] qui forme les membranes des cellules, ainsi que les réserves d'énergie sous forme de graisses chez les animaux<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 3}}{{Référence à confirmer}}.

== Sources ==
Les produits naturels peuvent être extraits des [[Cellule (biologie)|cellules]], [[Tissu biologique|tissus]] et [[sécrétion]]s de [[micro-organisme]]s, de [[plante]]s et d'[[Animal|animaux]]<ref name="GB2003">{{article|titre=Bioprospecting for microbial endophytes and their natural products|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|volume=67|numéro=4|date=décembre 2003|pmid=14665674|pmc=309047|doi=10.1128/MMBR.67.4.491-502.2003|pages=491–502|auteurs=Strobel G, Daisy B}}</ref>. Un extrait brut (non [[Fractionnement (chimie)|fractionné]]) de l'une ou l'autre de ces sources contiendra une gamme de composés chimiques à la structure variée et souvent nouvelle. La diversité chimique dans le [[milieu naturel]] est basée sur la diversité biologique. Du coup, les chercheurs parcourent le monde pour obtenir des échantillons à analyser et à évaluer dans le cadre d'{{Lien|langue=en|trad=Assay|fr=Essai (biologie)|texte=essais biologiques}} ou d'[[Criblage à haut débit|essais pour découvrir des médicaments]]. Cet effort de recherche de produits naturels est connu sous le nom de [[bioprospection]]{{Référence souhaitée|date=8 février 2019}}.

La [[pharmacognosie]] fournit les outils nécessaires pour identifier, sélectionner et traiter les produits naturels destinés à un usage médical. Habituellement, le composé du produit naturel a une certaine forme d'activité biologique et ce composé est connu sous le nom de [[principe actif]] - une telle [[Structure chimique|structure]] peut évoluer pour devenir une découverte de {{Citation|[[tête de série]]}}. De cette façon et par d'autres moyens, certains médicaments actuels sont obtenus directement de sources naturelles{{Référence souhaitée|date=8 février 2019}}.

D'autre part, certains médicaments sont développés à partir du produit tête de série naturel obtenu à l'origine de la source naturelle. Ce qui veut dire que la tête de série peut être{{Référence souhaitée|date=8 février 2019}} :
* produite par synthèse totale, ou
* un point de départ (précurseur) pour un composé semi-synthétique, ou
* un cadre qui sert de base à un composé structurellement différent obtenu par synthèse totale ou partielle.

Ces différences s'expliquent par le fait que de nombreux produits naturels biologiquement actifs sont des [[Métabolite secondaire|métabolites secondaires]] aux [[Structure chimique|structures chimiques]] souvent complexes. Cela présente l'avantage d'avoir de nouveaux composés, mais cette complexité rend également difficile leur synthèse ; au lieu de cela, le composé peut avoir besoin d'être extrait de sa source naturelle - un processus lent, coûteux et inefficace. il est du coup souvent plus avantageux de concevoir des [[Analogue structurel|analogues]] plus simples{{Référence souhaitée|date=8 février 2019}}.

=== Procaryote ===

==== Bactéries ====
[[Fichier:Clostridium_botulinum_01.png|droite|vignette|[[Toxine botulique|Les types A et B de la toxine botulique]] (Botox, Dysport, Xeomin, MyoBloc), utilisé tant en médecine qu'en cosmétique, sont des produits naturels de la bactérie ''[[Clostridium botulinum]].'']]
La découverte fortuite de la [[pénicilline]] et le succès clinique qui a suivi ont incité à la recherche à grande échelle d'autres [[micro-organisme]]s environnementaux qui pourraient produire des produits naturels anti-infectieux. Des échantillons de sol et d'eau ont été prélevés dans le monde entier, ce qui a conduit à la découverte de la [[streptomycine]] (dérivée de ''[[Streptomyces griseus]]'') et à la prise de conscience que les [[bactérie]]s, et pas seulement les champignons, représentent une source importante de produits naturels pharmacologiquement actifs<ref name="LJL2012">{{article|langue=en|titre=History of antibiotics. From salvarsan to cephalosporins|journal=Journal of Investigative Surgery|volume=25|numéro=2|date=avril 2012|pmid=22439833|doi=10.3109/08941939.2012.664099|pages=67–77|auteurs=Zaffiri L, Gardner J, Toledo-Pereyra LH}}</ref>. Ceci, à son tour, a conduit au développement d'un arsenal important d'agents antibactériens et antifongiques dont l'[[amphotéricine B]], le [[chloramphénicol]], la [[daptomycine]] et la [[tétracycline]] (de ''[[Streptomyces]]'' [[Espèce|spp.]])<ref name="RIM2012">{{article|langue=en|titre=Antibiotics produced by Streptomyces|journal=The Brazilian Journal of Infectious Diseases|volume=16|numéro=5|année=2012|pmid=22975171|doi=10.1016/j.bjid.2012.08.014|pages=466–71|auteurs=Procópio RE, Silva IR, Martins MK, Azevedo JL, Araújo JM}}</ref>, les [[polymyxine]]s (de ''[[Paenibacillus polymyxa]]'') et les [[rifamycine]](d'''{{Lien|langue=en|trad=|fr=Amycolatopsis rifamycinica}}'')<ref name="ARU2014">{{article|langue=en|titre=Draft Genome Sequence of the Rifamycin Producer Amycolatopsis rifamycinica DSM 46095|journal=Genome Announcements|volume=2|numéro=4|année=2014|pmid=24994803|pmc=4082003|doi=10.1128/genomeA.00662-14|pages=e00662–14|auteurs=Saxena A, Kumari R, Mukherjee U, Singh P, Lal R}}</ref>.

Bien que la plupart des médicaments dérivés de bactéries soient utilisés comme anti-infectieux, certains ont trouvé leur application dans d'autres domaines de la médecine. La [[toxine botulique]] (de ''[[Clostridium botulinum]]'') et la [[bléomycine]] (de ''{{Lien|langue=en|trad=Streptomyces verticillus|fr=}}'') en sont deux exemples. Le botulinum, la [[neurotoxine]] responsable du [[botulisme]], peut être injecté dans des muscles spécifiques (comme ceux qui contrôlent la [[paupière]]) pour prévenir les [[spasme]]s<ref name="MAD2013">{{article|langue=en|titre=Evidence-based review and assessment of botulinum neurotoxin for the treatment of movement disorders|journal=Toxicon|volume=67|numéro=June|date=juin 2013|pmid=23380701|doi=10.1016/j.toxicon.2012.12.004|pages=94–114|auteurs=Hallett M, Albanese A, Dressler D, Segal KR, Simpson DM, Truong D, Jankovic J}}</ref>. De plus, la bléomycine [[Glycopeptide|glycopeptidique]] est utilisée pour le traitement de plusieurs cancers dont le [[lymphome de Hodgkin]], le [[Cancer des voies aérodigestives supérieures|cancer de la tête et du cou]] et le [[cancer du testicule]]<ref>{{lien web|langue=en|titre=Bleomycin|url=https://www.nlm.nih.gov/medlineplus/druginfo/meds/a682125.html|éditeur=US National Library of Medicine|consulté le=28 janvier 2015}}</ref>. Parmi les nouvelles tendances dans le domaine se trouvent le profilage métabolique et l'isolement de produits naturels à partir de nouvelles espèces bactériennes présentes dans des environnements sous-explorés. Il s'agit par exemple de [[Symbiose|symbiotes]] ou d'[[endophyte]]s provenant de [[Milieu tropical|milieux tropicaux]]<ref name="AKB2014">{{article|langue=en|titre=Exploring the potential of endophytes from medicinal plants as sources of antimycobacterial compounds|journal=Microbiological Research|volume=169|numéro=7–8|année=2014|pmid=24582778|doi=10.1016/j.micres.2013.12.009|pages=483–95|auteurs=Alvin A, Miller KI, Neilan BA}}</ref>, de bactéries souterraines que l'on trouve dans les profondeurs du sous-sol grâce à l'exploitation minière ou aux forages<ref name="XSK2014">{{article|langue=en|titre=Ruthmycin, a new tetracyclic polyketide from Streptomyces sp. RM-4-15|journal=Organic Letters|volume=16|numéro=2|date=janvier 2014|pmid=24341358|pmc=3964319|doi=10.1021/ol4033418|pages=456–9|auteurs=Wang X, Elshahawi SI, Shaaban KA, Fang L, Ponomareva LV, Zhang Y, Copley GC, Hower JC, Zhan CG, Kharel MK, Thorson JS}}</ref>{{,}}<ref name="XKS2014">{{article|langue=en|titre=Mullinamides A and B, new cyclopeptides produced by the Ruth Mullins coal mine fire isolate Streptomyces sp. RM-27-46|journal=The Journal of Antibiotics|volume=67|numéro=8|date=août 2014|pmid=24713874|pmc=4146655|doi=10.1038/ja.2014.37|pages=571–5|auteurs=Wang X, Shaaban KA, Elshahawi SI, Ponomareva LV, Sunkara M, Copley GC, Hower JC, Morris AJ, Kharel MK, Thorson JS}}</ref>, et de bactéries [[Océan|marines]]<ref name="DJD2012">{{article|langue=en|titre=Insights from the sea: structural biology of marine polyketide synthases|journal=Natural Product Reports|volume=29|numéro=10|date=octobre 2012|pmid=22498975|pmc=3709256|doi=10.1039/c2np20016c|pages=1038–49|auteurs=Akey DL, Gehret JJ, Khare D, Smith JL}}</ref>.

==== Archées ====
Parce que beaucoup d'[[archées]] se sont adaptées à la vie dans des environnements extrêmes tels que les [[Région polaire|régions polaires]], les [[Source chaude|sources chaudes]], les sources acides, les sources alcalines, les [[Lac salé|lacs salés]] et la [[haute pression]] des {{Lien|langue=en|trad=Deep ocean water|fr=Eau océanique profonde|texte=eaux océaniques profondes}}, elles possèdent des enzymes qui sont capables de fonctionner dans des conditions plutôt inhabituelles. Ces enzymes sont potentiellement utiles dans les industries [[Secteur agroalimentaire|alimentaire]], [[Industrie chimique|chimique]] et [[Industrie pharmaceutique|pharmaceutique]], où les processus biotechnologiques impliquent souvent des températures élevées, des [[Potentiel hydrogène|pH]] extrêmes, des concentrations élevées en sel et/ou des pressions élevées. Parmi les enzymes identifiées à ce jour, on trouve les [[amylase]]s, les [[pullulanase]]s, les [[Cyclomaltodextrine glucanotransferase|glycosyltransférases cyclodextrines]], les [[cellulase]]s, les [[xylanase]]s, les [[chitinase]]s, les [[protéases]], l'[[alcool déshydrogénase]] et les [[EC 3.1|esterases]]<ref name="CG2011">{{Ouvrage|langue=en|auteurs=Bertoldo C, Antranikian G|titre=Biotechnology Vol. IX|lieu=Paris|éditeur=Encyclopedia of Life Support Systems (EOLSS)|année=2011|isbn=|lire en ligne=http://www.eolss.net/sample-chapters/c17/E6-58-08-08.pdf|titre chapitre=Chapitre 1: Biotechnology of Archaea}}</ref>. Les archées représentent également une source de nouveaux [[Composé chimique|composés chimiques]], par exemple les éthers isoprénylglycériques 1 et 2 de ''[[Thermococcus]]'' S557 et ''{{Lien|langue=en|trad=Methanocaldococcus jannaschii|fr=Methanocaldococcus jannaschii}}'', respectivement<ref name="CTK2010">{{article|langue=en|titre=Deep-sea hydrothermal vents: potential hot spots for natural products discovery?|journal=Journal of Natural Products|volume=73|numéro=3|date=mars 2010|pmid=20099811|doi=10.1021/np900662k|pages=489–99|auteurs=Thornburg CC, Zabriskie TM, McPhail KL}}</ref>.

=== Eucaryotes ===

==== Fungi ====
[[Fichier:Penicillium_notatum.jpg|droite|vignette|L'antibiotique [[pénicilline]] est un produit naturel dérivé du champignon ''[[Penicillium notatum]].'']]
Plusieurs médicaments anti-infectieux ont été dérivés de [[Fungi|champignons]], dont la [[pénicilline]] et les [[céphalosporine]]s (antibactériens de ''[[Penicillium chrysogenum]]'' et ''{{Lien|langue=en|trad=Cephalosporium acremonium|fr=}}'', respectivement)<ref name="LJL2012" /> et la [[griséofulvine]] (antifongiques de ''[[Penicillium griseofulvum]]'')<ref name="AR20154">{{article|langue=en|titre=Fungal metabolites as pharmaceuticals|journal=Aust J Chem|volume=67|numéro=6|année=2014|doi=10.1071/ch13639|url=http://www.publish.csiro.au/paper/CH13639.htm|pages=827–843|auteurs=Beekman AM, Barrow RA}}</ref>. Parmi les autres [[métabolite]]s fongiques médicinalement utiles se trouvent la [[lovastatine]] (de ''[[Pleurotus ostreatus]]''), qui est devenue le précurseur d'une série de médicaments qui abaissent le taux de [[cholestérol]], la [[ciclosporine]] (de ''{{Lien|langue=en|trad=Tolypocladium inflatum|fr=}}''), qui est utilisée pour supprimer la [[réponse immunitaire]] après une [[greffe d'organe]], et l'[[ergométrine]] (de ''[[Claviceps]]'' spp.) qui agit comme [[vasoconstricteur]] et est utilisée pour prévenir le saignement à la naissance<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 6}}. L'[[asperlicine]] (d'''{{Lien|langue=en|trad=Aspergillus alliaceus|fr=}}'') est un autre exemple. L'asperlicine est un nouvel antagoniste de la [[cholécystokinine]], un [[neurotransmetteur]] que l'on croit impliqué dans les [[Attaque de panique|crises de panique]], et pourrait être utilisé pour traiter l'[[anxiété]]{{Référence souhaitée|date=6 mars 2019}}.

==== Plantes ====
[[Fichier:Papaver_somniferum_2021_G4.jpg|droite|vignette|La [[morphine]], une drogue opioïde analgésique, est un produit naturel dérivé d'une plante, le [[pavot somnifère]].]]
Les [[plante]]s sont une source importante de composés chimiques ([[Composé phytochimique|phytochimiques]]) complexes et très diversifiés sur le plan structurel, cette diversité structurelle étant attribuable en partie à la [[sélection naturelle]] d'organismes produisant des composés puissants pour dissuader les [[herbivore]]s ([[Défense des plantes contre les herbivores#Types de défenses|agents de dissuasion de l'alimentation]])<ref name="LE2015">{{article|langue=en|titre=Toxic proteins in plants|journal=Phytochemistry|volume=117|date=septembre 2015|pmid=26057229|doi=10.1016/j.phytochem.2015.05.020|pages=51–64|auteurs=Dang L, Van Damme EJ}}</ref>. Les principales classes de substances phytochimiques comprennent les [[phénols]], les [[polyphénol]]s, les [[tanin]]s, les [[terpène]]s et les [[alcaloïde]]s<ref name="AMH2006">{{Ouvrage|langue=en|auteurs=Crozier A, Clifford MN, Ashihara H|titre=Plant Secondary Metabolites : Occurrence, Structure and Role in the Human Diet|lieu=Oxford, UK|éditeur=Blackwell Publishing Ltd|année=2006|pages totales=1–24, 47–136|isbn=978-1-4051-2509-3|titre chapitre=Chapitres 1, 3 and 4}}</ref>. Bien que le nombre de plantes ayant fait l'objet d'études approfondies soit relativement faible, de nombreux produits naturels pharmacologiquement actifs ont déjà été identifiés. Parmi les exemples cliniquement utiles, citons les agents [[anticancéreux]] [[paclitaxel]] et [[omacétaxine|omacétaxine mepesuccinate]] (respectivement de l'[[If de l'Ouest]] et de ''[[Cephalotaxus harringtonia]]''<ref name="PCS2014">{{article|langue=en|titre=Alkaloids as important scaffolds in therapeutic drugs for the treatments of cancer, tuberculosis, and smoking cessation|journal=Current Topics in Medicinal Chemistry|volume=14|numéro=2|année=2014|pmid=24359196|doi=10.2174/1568026613666131216105049|pages=239–52|auteurs=Kittakoop P, Mahidol C, Ruchirawat S}}</ref>), l'agent [[antipaludique]] [[artémisinine]] (de l'[[armoise annuelle]])<ref name="S2014">{{article|langue=en|titre=Artemisinin-based combination therapies and their introduction in Japan|journal=Kansenshogaku Zasshi|volume=88|numéro=3 Suppl 9–10|date=mai 2014|pmid=24979951|pages=18–25|auteurs=Kano S}}</ref> et d'un [[Anticholinestérase]], la [[galantamine]] (de ''[[Galanthus]]'' spp.), utilisée pour traiter la [[maladie d'Alzheimer]]<ref name="PAA2013">{{article|langue=en|titre=Multitarget drugs of plants origin acting on Alzheimer's disease|journal=Current Medicinal Chemistry|volume=20|numéro=13|année=2013|pmid=23410167|doi=10.2174/0929867311320130008|pages=1686–93|auteurs=Russo P, Frustaci A, Del Bufalo A, Fini M, Cesario A}}</ref>. La [[morphine]], la [[cocaïne]], la [[quinine]], la [[tubocurarine]], la [[muscarine]] et la [[nicotine]] sont d'autres drogues d'origine végétale, utilisées à des fins médicinales ou [[Usage récréatif|récréatives]]<ref name="Dewick_2009" />{{rp|Chapitre 6}}.

==== Animaux ====
[[Fichier:Conus_magus_001.jpg|droite|vignette|L'[[analgésique]] ω-conotoxine ([[ziconotide]]) est un produit naturel dérivé de l'escargot de mer ''[[Conus magus]]''.]]
Les [[Animal|animaux]] représentent également une source de produits naturels bioactifs. En particulier, les [[Venin|animaux venimeux]] comme les serpents, les araignées, les scorpions, les chenilles, les abeilles, les guêpes, les mille-pattes, les fourmis, les crapauds et les grenouilles ont beaucoup attiré l'attention. En effet, les constituants du venin (peptides, enzymes, nucléotides, lipides, ou encore amines biogènes) ont souvent des interactions très spécifiques avec une cible [[Macromolécule|macromoléculaire]] de l'organisme (par ex. l'[[Alpha-bungarotoxine|''α''-bungarotoxine]] de [[cobra]])<ref name="chemical weaponry">{{article|langue=en|titre=Insects and their chemical weaponry: new potential for drug discovery|journal=Natural Product Reports|volume=27|numéro=12|date=janvier 2010|pmid=20957283|doi=10.1039/C005319H|pages=1737–57|auteurs=Dossey AT}}</ref>{{,}}<ref name="MJY2013">{{Ouvrage|langue=en|auteurs=Fernandes-Pedrosa MF, Félix-Silva J, Menezes YA|titre=An Integrated View of the Molecular Recognition and Toxinology : From Analytical Procedures to Biomedical Applications|éditeur=InTechOpen|année=2013|pages totales=23–72|isbn=|lire en ligne=http://cdn.intechopen.com/pdfs-wm/45052.pdf}}</ref>. Comme dans le cas des produits des plantes devant dissuader de se faire manger, cette activité biologique est attribuée à la sélection naturelle, les organismes capables de tuer ou de paralyser leurs proies et/ou de se défendre contre les prédateurs étant plus susceptibles de survivre et de se reproduire<ref name="MJY2013" />.

En raison de ces interactions chimiques spécifiques, les constituants du venin se sont révélés des outils importants pour l'étude des [[Récepteur (biochimie)|récepteurs]], des [[canaux ioniques]] et des [[enzyme]]s. Dans certains cas, ils ont également servi de chefs de file dans la mise au point de nouveaux médicaments. Par exemple, le [[téprotide]], un [[peptide]] isolé à partir du venin du crotale brésilien ''[[Bothrops jararaca]]'', a joué un rôle de premier plan dans le développement d'agents [[antihypertenseur]]s, le {{Lien|langue=en|trad=Cilazapril|fr=|texte=cilazapril}} et le [[captopril]]. De plus, l'échistatine, une {{Lien|langue=en|trad=Disintegrin|fr=Désintégrine|texte=désintégrine}} provenant du venin de la vipère ''[[Echis carinatus]]'', a joué un rôle de premier plan dans le développement du [[tirofiban]], un médicament [[Antiagrégant|antiplaquettaire]]<ref name="MJY2013" />.

En plus des {{Lien|langue=en|trad=Terrestrial animal|fr=Animal terrestre|texte=animaux terrestres}} et des [[amphibiens]] décrits ci-dessus, de nombreux [[Animal aquatique|animaux marins]] ont été examinés à la recherche de produits naturels pharmacologiquement actifs, avec des [[Corail|coraux]], des [[éponges]], des [[tuniciers]], des [[bigorneau]]x et des [[Ectoprocta|bryozoaires]] produisant des produits chimiques aux activités [[analgésiques]], [[antiviral]]es et [[Anticancéreux|anticancéreuses]] intéressantes<ref name="AKC2010">{{article|langue=en|titre=The odyssey of marine pharmaceuticals: a current pipeline perspective|journal=Trends in Pharmacological Sciences|volume=31|numéro=6|date=juin 2010|pmid=20363514|doi=10.1016/j.tips.2010.02.005|pages=255–65|auteurs=Mayer AM, Glaser KB, Cuevas C, Jacobs RS, Kem W, Little RD, McIntosh JM, Newman DJ, Potts BC, Shuster DE}}</ref>. Deux exemples d'utilisation clinique ont été développés : l'[[Oméga|ω]]-[[conotoxine]] (de l'escargot marin ''[[Conus magus]]'')<ref name="BL1998">{{article|langue=en|titre=Pharmacotherapeutic potential of omega-conotoxin MVIIA (SNX-111), an N-type neuronal calcium channel blocker found in the venom of Conus magus|journal=Toxicon|volume=36|numéro=11|date=novembre 1998|pmid=9792182|doi=10.1016/S0041-0101(98)00158-5|pages=1651–8|auteurs=Bowersox SS, Luther R}}</ref>{{,}}<ref name="P2006">{{article|langue=en|titre=Ziconotide: a new option for refractory pain|journal=Drugs of Today|volume=42|numéro=6|date=juin 2006|pmid=16845440|doi=10.1358/dot.2006.42.6.973534|pages=369–78|auteurs=Prommer E}}</ref>  et l'[[Trabectédine|ecteinascidin 743]] (du tunicier ''{{Lien|langue=en|trad=Ecteinascidia turbinata|fr=}}'')<ref name="R2000">{{article|langue=en|titre=Antitumor compounds from tunicates|journal=Medicinal Research Reviews|volume=20|numéro=1|date=janvier 2000|pmid=10608919|doi=10.1002/(SICI)1098-1128(200001)20:1<1::AID-MED1>3.0.CO;2-A|pages=1–27|auteurs=Rinehart KL}}</ref>. La première, la ω-conotoxine, est utilisée pour soulager les douleurs sévères et chroniques<ref name="BL1998" />{{,}}<ref name="P2006" />, tandis que la seconde, l'ecteinascidine 743 est utilisée pour traiter le [[Sarcome des tissus mous|sarcome métastatique des tissus mous]]<ref name="BES2015">{{article|langue=en|titre=Trabectedin in soft tissue sarcomas|journal=Marine Drugs|volume=13|numéro=2|date=février 2015|pmid=25686274|pmc=4344612|doi=10.3390/md13020974|pages=974–83|auteurs=Petek BJ, Loggers ET, Pollack SM, Jones RL}}</ref>. Parmi d'autres produits naturels dérivés d'animaux marins et faisant l'objet d'études comme thérapies possibles, on trouve des agents [[Chimiothérapie|antitumoraux]] tels que le [[discodermolide]] (de l'éponge ''[[Discodermia dissoluta]]<ref name="RMP2008">{{article|langue=en|titre=Clinical status of anti-cancer agents derived from marine sources|journal=Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry|volume=8|numéro=6|date=août 2008|pmid=18690825|doi=10.2174/187152008785133074|pages=603–17|auteurs=Singh R, Sharma M, Joshi P, Rawat DS}}</ref>''), l'{{Lien|langue=en|trad=Eleutherobin|fr=Éluthérobine|texte=éluthérobine}} (du corail ''{{Lien|langue=en|trad=Erythropodium caribaeorum|fr=}}'') et les {{Lien|langue=en|trad=Bryostatin|fr=Bryostatine|texte=bryostatines}} (du bryozoaire ''{{Lien|langue=en|trad=Bugula neritina|fr=}}'')<ref name="RMP2008" />.

== Utilisations médicale ==
Les produits naturels ont parfois une activité pharmacologique qui peut être bénéfique sur le plan thérapeutique dans le traitement des maladies. En tant que tels, les produits naturels sont les composants actifs de nombreuses [[Médecine traditionnelle|médecines traditionnelles]]<ref name="Li_2009" />{{,}}<ref name="pmid18762775" />{{,}}<ref name="Brahmachari_2010">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Brahmachari G|titre=Handbook of Pharmaceutical Natural Products|lieu=Weinheim|éditeur=[[Wiley-VCH]]|année=2010|pages totales=925|isbn=978-3-527-32148-3}}</ref>{{,}}<ref name="pmid18554253">{{article|langue=en|titre=Natural compounds: leads or ideas? Bioinspired molecules for drug discovery|journal=Chemical Biology & Drug Design|volume=72|numéro=1|date=juillet 2008|pmid=18554253|doi=10.1111/j.1747-0285.2008.00673.x|pages=3–15|auteurs=Beghyn T, Deprez-Poulain R, Willand N, Folleas B, Deprez B}}</ref>{{,}}<ref name="pmid15729362">{{article|langue=en|titre=The evolving role of natural products in drug discovery|journal=Nature Reviews. Drug Discovery|volume=4|numéro=3|date=mars 2005|pmid=15729362|doi=10.1038/nrd1657|pages=206–20|auteurs=Koehn FE, Carter GT}}</ref>. De plus, il est possible de préparer des analogues synthétiques de produits naturels ayant une puissance et une sécurité améliorées et, par conséquent, les produits naturels sont souvent utilisés comme points de départ pour la {{Lien|langue=en|trad=Drug discovery|fr=Découverte de médicaments|texte=découverte de médicaments}}. Les constituants des produits naturels ont inspiré de nombreux efforts de découverte de médicaments qui ont finalement été approuvés en tant que nouveaux médicaments par l'[[Food and Drug Administration|Agence américaine des produits alimentaires et médicamenteux]]<ref name="pmid17309302">{{article|langue=en|titre=Natural products as sources of new drugs over the last 25 years|journal=Journal of Natural Products|volume=70|numéro=3|date=mars 2007|pmid=17309302|doi=10.1021/np068054v|pages=461–77|auteurs=Newman DJ, Cragg GM}}</ref>{{,}}<ref name="Gransalke_2011">{{article|langue=en|auteur=Gransalke K|titre=Mother Nature’s Drug Cabinet|journal=Lab Times|volume=11|numéro=1|date=février 2011|url=http://www.labtimes.org/labtimes/issues/lt2011/lt01/lt_2011_01_16_19.pdf|pages=16–19|extrait=Drug Discovery - Is Mother Nature still the number one source for promising new drugs?}}</ref>.

=== Médecine traditionnelle ===
[[Fichier:Natural_product_drugs.svg|vignette|701x701px|Exemples représentatifs de médicaments basés sur des produits naturels.]]
Les [[Peuple autochtone|peuples autochtones]] et les [[Civilisation|civilisations anciennes]] ont fait des expériences avec diverses parties de plantes et d'animaux pour déterminer les effets qu'elles pouvaient avoir. Par [[Méthode essai-erreur|tâtonnements]] et dans des cas très isolés, les [[guérisseur]]s ou [[chaman]]s ont trouvé des sources d'effet thérapeutique, représentant la connaissance d'un {{Lien|langue=en|trad=Crude drug|fr=Médicament brut|texte=médicament brut}} qui se transmet de génération en génération dans des pratiques comme la [[médecine traditionnelle chinoise]] et l'[[Ayurveda]]<ref name="Patrick_2013">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Patrick GL|titre=An introduction to medicinal chemistry|lieu=Oxford|éditeur=[[Oxford University Press]]|année=2013|numéro d'édition=Fifth|pages totales=789|isbn=978-0-19-969739-7|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=Pj7xJRuhZxUC&pg=PA202&q=Medical+Folklore|titre chapitre=12.4.2: Medical Folklore}}</ref>. Des extraits de certains produits naturels ont conduit à la découverte moderne de leurs principes actifs et, en bout de route, à la mise au point de nouveaux médicaments<ref name="Sneader_2005c">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Sneader W|titre=Drug Discovery|sous-titre=A History|lieu=Chichester|éditeur=[[John Wiley & Sons|Wiley]]|année=2005|numéro d'édition=Rev. and updated|pages totales=280–283|isbn=978-0-471-89979-2|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=Cb6BOkj9fK4C&printsec=frontcover|titre chapitre=Part 1: Legacy of the Past}}</ref>.

=== Médicaments modernes dérivés de produits naturels ===
Un grand nombre de médicaments actuellement prescrits sont soit directement dérivés de produits naturels, soit inspirés de produits naturels<ref name="CRC Press" />{{,}}<ref name="pmid26281720">{{article|langue=en|titre=Discovery and resupply of pharmacologically active plant-derived natural products: A review|journal=Biotechnology Advances|volume=33|numéro=8|date=décembre 2015|pmid=26281720|pmc=4748402|doi=10.1016/j.biotechadv.2015.08.001|pages=1582–614|auteurs=Atanasov AG, Waltenberger B, Pferschy-Wenzig EM, Linder T, Wawrosch C, Uhrin P, Temml V, Wang L, Schwaiger S, Heiss EH, Rollinger JM, Schuster D, Breuss JM, Bochkov V, Mihovilovic MD, Kopp B, Bauer R, Dirsch VM, Stuppner H}}</ref>. En voici quelques exemples représentatifs.

Certains des médicaments à base de produits naturels les plus anciens sont des [[analgésiques]]. L'écorce du [[saule]] est connue depuis l'[[Antiquité]] pour ses propriétés analgésiques. Cela s'explique par la présence de la salicine, un produit naturel qui peut à son tour être hydrolysé en [[acide salicylique]]. Un dérivé synthétique de l'[[acide acétylsalicylique]], mieux connu sous le nom d'aspirine, est un analgésique largement utilisé. Son mécanisme d'action est l'inhibition de l'enzyme [[cyclo-oxygénase]] (COX)<ref name="Schrör_2008">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Schrör K|titre=Acetylsalicylic Acid|lieu=Weinheim|éditeur=[[Wiley-VCH]]|année=2008|pages totales=5–24|isbn=978-3-527-62600-7|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=X5eKkljZtFIC&pg=PA19|titre chapitre=Chapitre 1.1: History}}</ref>. Un autre exemple notable est l'opium extrait du latex du [[Pavot somnifère]]. Le composant narcotique le plus puissant de l'opium est la [[morphine]], un alcaloïde qui agit comme un agoniste des [[Récepteur opiacé|récepteurs opiacés]]<ref name="Busse_2006">{{Ouvrage|langue=en|auteurs=Busse GD, Triggle DJ|titre=Morphine|lieu=New York|éditeur=Chelsea House Publishers|année=2006|pages totales=8–23|isbn=978-1-4381-0211-5|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=sud4ORAMNkYC&pg=PA8|titre chapitre=The history of opium and morphine}}</ref>. Un exemple plus récent est le [[ziconotide]], un analgésique  bloqueur des [[Canal calcique de type N|canaux calciques de type N]] à base d'une toxine peptidique cyclique d'escargot cone (ω-[[conotoxine]] MVIIA) de l'espèce ''[[Conus magus]]<ref name="pmid22407615">{{article|langue=en|titre=Conus venom peptide pharmacology|journal=Pharmacological Reviews|volume=64|numéro=2|date=avril 2012|pmid=22407615|doi=10.1124/pr.111.005322|pages=259–98|auteurs=Lewis RJ, Dutertre S, Vetter I, Christie MJ}}</ref>''.

Un nombre important d'[[anti-infectieux]] sont à base de produits naturels. Le premier antibiotique découvert, la [[pénicilline]], a été isolé de la moisissure ''[[Penicillium]]''. La pénicilline et les [[Bêta-Lactame|bêta-lactames]] apparentés agissent en inhibant l'enzyme DD-[[transpeptidase]] dont les bactéries ont besoin pour faire la liaison transversale du [[peptidoglycane]] afin de former la paroi cellulaire<ref>{{Ouvrage|langue=en|auteur1=de la Bédoyère G|titre=The discovery of penicillin|lieu=Londres|éditeur=Evans|année=2005|pages totales=48|isbn=978-0-237-52739-6|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=bWs8Ya4Cn20C&printsec=frontcover}}</ref>.

Plusieurs médicaments naturels ciblent la [[tubuline]], qui est un composant du [[cytosquelette]]. Il s'agit notamment de l'inhibiteur de polymérisation de la tubuline, la [[colchicine]], isolé à partir de la [[Colchique d'automne]], qui est utilisé pour traiter la [[Goutte (maladie)|goutte]]<ref name="pmid13198053">{{article|langue=en|titre=History of the use of colchicum and related medicaments in gout; with suggestions for further research|journal=Annals of the Rheumatic Diseases|volume=13|numéro=3|date=septembre 1954|pmid=13198053|pmc=1006735|doi=10.1136/ard.13.3.190|pages=190–200|auteurs=Hartung EF}}</ref>. La colchicine est biosynthétisée à partir d'acides aminés, la [[phénylalanine]] et le [[tryptophane]]. Le [[paclitaxel]], en revanche, est un stabilisateur de polymérisation de la tubuline et est utilisé comme médicament [[Chimiothérapie|chimiothérapeutique]]. Le paclitaxel est basé sur un produit naturel terpénoïde, le [[taxol]], qui est isolé de l'[[If de l'Ouest]]<ref name="Sneader_2005a">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Sneader W|titre=Drug Discovery|sous-titre=A History|lieu=Chichester|éditeur=[[John Wiley & Sons|Wiley]]|année=2005|numéro d'édition=Rev. and updated|pages totales=112–113|isbn=978-0-471-89979-2|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=Cb6BOkj9fK4C&pg=PA112&dq=Paclitaxel+taxol+discovery+history|titre chapitre=Paclitaxel (taxol)}}</ref>.

Les inhibiteurs de l'[[HMG-CoA]] [[réductase]] comme l'[[atorvastatine]], sont une classe de médicaments largement utilisée pour abaisser le cholestérol. Ceux-ci ont été développés à partir de la {{Lien|langue=en|trad=Mevastatin|fr=Mévastatine|texte=mévastatine}}, un [[polycétide]] produit par le champignon ''Penicillium citrinum''<ref name="LI_2009">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Li JL|titre=Triumph of the Heart|sous-titre=the Story of Statins|lieu=New York, NY|éditeur=[[Oxford University Press]]|année=2009|pages totales=71–96|isbn=978-0-19-804351-5|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=0IZwL8MJ3y4C&pg=PA71&dq=atorvastatin+discovery+history|titre chapitre=Discovery of Lipitor}}</ref>. Enfin, un certain nombre de médicaments naturels sont utilisés pour traiter l'hypertension et l'insuffisance cardiaque congestive. Il s'agit notamment du [[captopril]], inhibiteur de l'[[enzyme de conversion de l'angiotensine]]. Le captopril est basé sur le facteur peptidique de potentialisation de la bradykinine isolé du venin de la vipère à tête fléchée du Brésil (''[[Bothrops jararaca]]'')<ref name="Sneader_2005b">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Sneader W|titre=Drug Discovery|sous-titre=A History|lieu=Chichester|éditeur=[[John Wiley & Sons|Wiley]]|année=2005|numéro d'édition=Rev. and updated|pages totales=280–283|isbn=978-0-471-89979-2|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=Cb6BOkj9fK4C&pg=PA281&dq=captopril+discovery+history|titre chapitre=ACE Inhibitors}}</ref>.

=== Facteurs limitants et favorables ===
De nombreux défis limitent l'utilisation des produits naturels pour la découverte de médicaments, ce qui a amené les sociétés pharmaceutiques du {{21e siècle}} à préférer consacrer leurs efforts de découverte au [[criblage à haut débit]] de composés synthétiques purs avec des délais plus courts pour le perfectionnement<ref name="Li_2009" />. Les sources de produits naturels sont souvent peu fiables pour ce qui est de l'accès et de l'approvisionnement, ont une forte probabilité de dédoublement, suscitent des préoccupations en matière de [[propriété intellectuelle]] au sujet de la protection des [[brevet]]s, leur composition varie en raison de la saison d'approvisionnement ou de l'environnement, et sont susceptibles de [[Extinction des espèces|s'éteindre à un rythme croissant]]<ref name="Li_2009" />.

La ressource biologique pour la découverte de médicaments à partir de produits naturels demeure abondante, avec de faibles pourcentages de micro-organismes, d'espèces végétales et d'insectes évalués pour leur bioactivité<ref name="Li_2009" />. En très grand nombre, les bactéries et les micro-organismes marins ne sont toujours pas examinés<ref>{{article|langue=en|titre=Next Generation Sequencing of Actinobacteria for the Discovery of Novel Natural Products|journal=Marine Drugs|volume=14|numéro=4|date=avril 2016|pmid=27089350|pmc=4849082|doi=10.3390/md14040078|pages=78|auteurs=Gomez-Escribano JP, Alt S, Bibb MJ}}</ref>{{,}}<ref name="pawar">{{article|langue=en|titre=The Impending Renaissance in Discovery & Development of Natural Products|journal=Current Topics in Medicinal Chemistry|volume=17|numéro=2|année=2017|pmid=27237327|doi=10.2174/1568026616666160530154649|pages=251–267|auteurs=Pawar SV, Ho JC, Yadav GD, Yadav VG}}</ref>. En 2008, le domaine de la [[métagénomique]] a été proposé pour examiner les gènes et leur fonction dans les microbes du sol<ref name="pawar" />{{,}}<ref name="blow">{{article|langue=en|titre=Metagenomics: exploring unseen communities|journal=Nature|volume=453|numéro=7195|date=mai 2008|pmid=18509446|doi=10.1038/453687a|bibcode=2008Natur.453..687B|pages=687–90|auteurs=Blow N}}</ref>, mais la plupart des entreprises pharmaceutiques n'ont pas exploité pleinement cette ressource, choisissant plutôt de développer une {{Citation|synthèse axée sur la diversité}} à partir de banques de médicaments connus ou de sources naturelles pour des composés à fort potentiel bioactivité<ref name="Li_2009" />.

== Isolement et purification ==
[[Fichier:Penicillin-G.svg|droite|vignette|250x250px|La [[Benzylpénicilline|pénicilline G]], le premier antibiotique fongique de sa catégorie, a d'abord été étudié par le [[Microbiologie|microbiologiste]] britannique [[Alexander Fleming]] à la fin des années 1920, puis rendu pratique en tant que produit thérapeutique par isolement naturel à la fin des années 1930 par [[Ernst Boris Chain]], [[Howard Florey]] et d'autres. Ces trois scientifiques nommés partagèrent le [[Prix Nobel de Médecine|prix Nobel de médecine]] de 1945 pour leurs travaux. Fleming a reconnu l'activité antibactérienne et le potentiel clinique de la {{Citation|pen G}}, mais a été incapable de le purifier ou de le stabiliser<ref name="KB2009">{{article|langue=en|prénom1=Kevin|nom1=Brown|titre=That’s funny!’: the discovery and development of penicillin|journal=Microbiology Today|volume=36|numéro=1|année=2009|url=http://www.sgm.ac.uk/download.cfm/docid/C14AF892-74A1-4CD3-82402F6D0C4AC751|pages=12–15}}</ref>. Les progrès de la [[Chromatographie|séparation chromatographique]] et de la [[lyophilisation]] ont permis de faire progresser la production de quantités commerciales de pénicilline et d'autres produits naturels{{référence nécessaire|date=juillet 2014}}.]]
Tous les produits naturels sont à la base mélangés avec d'autres composés d'origine naturelle, souvent très complexes, à partir desquels le produit d'intérêt doit être isolé et purifié. Selon le contexte, l'isolement d'un produit naturel fait référence soit à l'isolement de quantités suffisantes de matière chimique pure pour l'élucidation de la structure chimique, la dérivation/chimie de dégradation, les essais biologiques et autres besoins de recherche (généralement des milligrammes aux grammes, mais historiquement, souvent plus){{référence nécessaire|date=juillet 2014}}, soit à l'isolement des {{Citation|quantités analytiques}} de la substance en question, lorsque l'accent est mis sur son identification et son dosage (par exemple, dans le tissu biologique ou un fluide) et que la quantité isolée est fonction de la méthode analytique appliquée (mais généralement toujours sous forme d'une quantité en [[microgramme]])<ref name="MakinGower2010">{{Ouvrage|langue=en|titre=Steroid Analysis|lieu=Dordrecht|éditeur=Springer|année=2009|numéro d'édition=2|isbn=978-1-4020-9774-4<!--|editor1-last=Gower--><!--PARAMETRE 'editor1-last' N'EXISTE PAS --><!--|editor1-first=D.B.--><!--PARAMETRE 'editor1-first' N'EXISTE PAS --><!--|editor2-last=Makin--><!--PARAMETRE 'editor2-last' N'EXISTE PAS --><!--|editor2-first=Hugh L. J.--><!--PARAMETRE 'editor2-first' N'EXISTE PAS -->}}</ref>.

La facilité avec laquelle l'agent actif peut être isolé et [[Purification (chimie)|purifié]] dépend de la structure, de la stabilité et de la quantité du produit naturel. Les méthodes d'isolement appliquées pour obtenir ces deux échelles distinctes de produit sont également distinctes, mais impliquent généralement l'extraction, la précipitation, l'adsorption, la chromatographie et parfois la cristallisation. Dans les deux cas, la substance isolée est purifiée jusqu'à homogénéité chimique, c'est-à-dire que des méthodes de séparation et d'analyse combinées spécifiques telles que les méthodes [[LC-MS]] sont choisies pour être {{Citation|orthogonales}}, c'est à-dire atteignant leurs séparations basées sur des modes d'interaction distincts entre la substance et la matrice isolante, dans le but de détecter à nouveau une seule espèce présente dans un échantillon pur hypothétique. L'isolement précoce est presque inévitablement suivi de la détermination de la structure, surtout si une activité pharmacologique importante est associée au produit naturel purifié{{Référence souhaitée|date=9 mars 2019}}.

La détermination de la structure fait référence aux méthodes appliquées pour connaître la [[structure chimique]] d'un produit naturel pur et isolé, un processus qui implique un ensemble de méthodes chimiques et physiques qui ont changé de façon marquée au cours de l'histoire de la recherche sur les produits naturels ; au début, elles étaient axées sur la transformation chimique de substances inconnues en substances connues et la mesure des propriétés physiques, comme le point de fusion et d'ébullition, et des méthodes connexes pour déterminer le [[poids moléculaire]]{{référence nécessaire|date=juillet 2014}}. Dans l'ère moderne, les méthodes se concentrent sur la [[spectrométrie de masse]] et les [[Résonance magnétique nucléaire|méthodes de résonance magnétique nucléaire]], souvent multidimensionnelles et, dans la mesure du possible, sur la [[cristallographie]] des petites molécules{{référence nécessaire|date=juillet 2014}}. Par exemple, la structure chimique de la pénicilline a été déterminée par [[Dorothy Crowfoot Hodgkin]] en 1945, travaux pour lesquels elle reçut le [[prix Nobel de chimie]] en 1964<ref>{{lien web|langue=en|auteur=Hodgkin DC|titre=Enhancing X-ray Vision|url=https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1964/perspectives.html|série=The Nobel Prize in Chemistry 1964 - Perspectives}}</ref>.

== Synthèse ==
De nombreux produits naturels ont des [[Structure chimique|structures]] très complexes. La complexité perçue d'un produit naturel est une question qualitative, qui consiste à examiner sa masse moléculaire, la disposition particulière des sous-structures (tels que les [[Groupe fonctionnel|groupes fonctionnels]] ou les anneaux) les unes par rapport aux autres, le nombre et la densité de ces groupes fonctionnels, la stabilité de ces groupes et de la molécule dans son ensemble, le nombre et le type des [[Chiralité|éléments stéréochimiques]], les propriétés physiques des molécules et de leurs intermédiaires (qui influencent la facilité avec laquelle elles sont traitées et traitées), le tout dans le contexte du caractère nouveau de la structure et du succès des efforts synthétiques précédents (cf. infra).

Certains produits naturels, en particulier ceux qui sont moins complexes, sont faciles et rentables à préparer par synthèse chimique complète à partir d'ingrédients chimiques plus simples et facilement disponibles, un procédé appelé [[synthèse totale]] (surtout lorsque le procédé ne comporte aucune étape à laquelle interviennent des agents biologiques). Tous les produits naturels ne se prêtent pas à la synthèse totale, rentable ou non. En particulier, les plus complexes ne le sont souvent pas. Beaucoup sont accessibles, mais les voies nécessaires sont tout simplement trop coûteuses pour permettre une synthèse à toute échelle pratique ou industrielle. Toutefois, pour pouvoir être étudiés plus en profondeur, tous les produits naturels doivent être isolés et purifiés. Cela peut suffire si l'isolement permet d'obtenir des quantités appropriées du produit naturel pour l'usage auquel il est destiné (par ex. en tant que médicament pour soulager une maladie). Des médicaments comme la [[pénicilline]], la [[morphine]] et le [[paclitaxel]] se sont révélés abordables à l'échelle commerciale nécessaire uniquement par des procédures d'isolement (sans qu'aucune chimie de synthèse importante n'y contribue){{référence nécessaire|date=juillet 2014}}. Cependant, dans d'autres cas, les agents nécessaires ne sont pas disponibles sans manipulations chimiques synthétiques.

=== Hémisynthèse ===
{{Article détaillé|Hémisynthèse|}} Le processus d'isolement d'un produit naturel de sa source peut être coûteux en termes de temps et de dépenses matérielles, et il peut remettre en question la disponibilité de la ressource naturelle dont on se sert, ou encore avoir des conséquences écologiques pour cette ressource. Par exemple, on a estimé que l'[[écorce]] d'un [[If de l'Ouest]] entier (''[[Taxus brevifolia]]'') devrait être récoltée pour extraire suffisamment de [[paclitaxel]] pour une seule dose de traitement<ref name="urlStory of Taxol">{{Lien archive|langue=en|format=PDF|titre=The Story of Taxol|horodatage archive=20131212131838|série=|site=|périodique=|éditeur=The American Society of Pharmacognosy|date=|consulté le=|url=http://www.pharmacognosy.us/wordpress/wp-content/uploads/The-Story-of-Taxol.pdf}}</ref>. De plus, le nombre d'[[Analogue structurel|analogues structuraux]] pouvant être obtenus pour l'{{Lien|langue=en|trad=Structure–activity relationship|fr=Relation structure-activité|texte=analyse structure-activité}} par prélèvement simple (si plus d'un seul analogue structural est présent) est limité par la biologie à l'œuvre dans l'organisme, et donc hors du contrôle de l'expérimentateur.

Dans les cas où la cible ultime est plus difficile à atteindre ou limite l'analyse structure-activité, il est parfois possible de se procurer un [[Précurseur (chimie)|précurseur]] ou un [[Analogue structurel|analogue]] biosynthétique, de stade intermédiaire à avancé, à partir duquel la cible ultime peut être préparée. C'est ce qu'on appelle l'[[hémisynthèse]] ou la synthèse partielle. Avec cette approche, l'intermédiaire biosynthétique correspondant est récolté et ensuite converti en produit final par des procédés conventionnels de [[synthèse chimique]].

Cette stratégie peut avoir deux avantages. Premièrement, l'intermédiaire peut être extrait plus facilement, et avec un rendement plus élevé, que le produit final souhaité., Par exemple, le paclitaxel peut être fabriqué en extrayant la {{Lien|langue=en|trad=10-Deacetylbaccatin|fr=10-Désacétylbaccatine|texte=10-désacétylbaccatine III}} des [[Pinophyta#Feuillage|aiguilles]] de l'If de l'Ouest, puis en effectuant une synthèse en quatre étapes{{référence nécessaire|date=juillet 2014}}. Deuxièmement, la voie conçue entre la matière première semi-synthétique et le produit final peut permettre la synthèse d'analogues du produit final. Les pénicillines semi-synthétiques de nouvelle génération illustrent les avantages de cette approche{{référence nécessaire|date=juillet 2014}}.

=== Synthèse totale ===
{{Article détaillé|Synthèse totale|}}
[[Fichier:Cobalamin.svg|droite|vignette|Représentation structurelle de la [[Vitamine B12|cobalamine]], un des premiers produits naturels isolés et structurellement caractérisés<ref name="pmid13348621">{{article|langue=en|titre=Structure of vitamin B12|journal=Nature|volume=178|numéro=4524|date=juillet 1956|pmid=13348621|doi=10.1038/178064a0|bibcode=1956Natur.178...64H|pages=64–6|auteurs=Hodgkin DC, Kamper J, Mackay M, Pickworth J, Trueblood KN, White JG}}</ref>. Le groupe variable R peut être soit un [[méthyle]] ou un groupe 5'-adenosyl, soit un cyanide or un anion hydroxide. La {{Citation|preuve}} par synthèse de la vitamine B<sub>12</sub> a été accomplie en 1972 par les groupes de [[Robert Burns Woodward]]<ref name="Woodward_1973">{{article|langue=en|titre=The total synthesis of vitamin B 12|journal=Pure and Applied Chemistry|volume=33|numéro=1|année=1973|pmid=4684454|doi=10.1351/pac197333010145|pages=145–77|auteurs=Woodward RB}}</ref> et [[Albert Eschenmoser]]<ref name="Eschenmoser_1988">{{article|langue=en|titre=Vitamin B12: Experiments Concerning the Origin of Its Molecular Structure|journal=Angewandte Chemie International Edition in English|volume=27|numéro=1|date=janvier 1988|doi=10.1002/anie.198800051|pages=5–39|auteurs=Eschenmoser A}}</ref>.]]
En général, la synthèse totale de produits naturels est une activité de recherche non commerciale qui a pour objectif d'approfondir la compréhension de la synthèse de cadres particuliers de produits naturels et à développer de nouvelles méthodes synthétiques fondamentales. Malgré cela, elle revêt une importance commerciale et sociétale considérable. En fournissant des cibles synthétiques exigeantes, par exemple, il a joué un rôle central dans le développement du domaine de la [[chimie organique]]<ref name="Heathcock_1996">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Heathcock CH|titre=Chemical Synthesis|volume=320|collection=NATO ASI Series|année=1996|pages totales=223–243|isbn=|doi=10.1007/978-94-009-0255-8_9|lire en ligne=http://heathcock.org/chhgrp/Ravello/Ravello.ms.html|titre chapitre=As We Head into the 21st Century, Is there Still Value in Total Synthesis of Natural Products as a Research Endeavor?}}</ref>{{,}}<ref name="Nicolaou_2000">{{article|langue=en|titre=The Art and Science of Total Synthesis at the Dawn of the Twenty-First Century|journal=Angewandte Chemie|volume=39|numéro=1|date=janvier 2000|pmid=10649349|doi=10.1002/(SICI)1521-3773(20000103)39:1<44::AID-ANIE44>3.0.CO;2-L|pages=44–122|auteurs=Nicolaou KC, Vourloumis D, Winssinger N, Baran PS|lien auteur4=Phil S. Baran|lien auteur1=K. C. Nicolaou}}</ref>. Avant le développement des méthodes de chimie analytique au {{XXe siècle}}, les structures des produits naturels étaient affirmées par synthèse totale (ce que l'on appelle la {{Citation|preuve de structure par synthèse}})<ref name="DAL2013">{{Ouvrage|langue=en|auteur1=Lightner DA|titre=Bilirubin : Jekyll and Hyde Pigment of Life : Pursuit of Its Structure Through Two World Wars to the New Millenium|éditeur=Springer|année=2013|pages totales=798|passage=371|isbn=978-3-7091-1637-1|isbn2=3-7091-1637-6|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=tCG4BAAAQBAJ&pg=PA371&dq=%22proof+by+synthesis%22+natural+product}}</ref>. Les premiers efforts de synthèse de produits naturels ont ciblé des substances complexes telles que la [[cobalamine]] (vitamine B<sub>12</sub>), un [[Cofacteur (biochimie)|cofacteur]] essentiel du [[métabolisme]] cellulaire<ref name="Woodward_1973" />{{,}}<ref name="Eschenmoser_1988" />.

=== Symétrie ===
L'examen des produits naturels [[Dimère|dimérisés]] et [[Trimérie|trimérisés]] a montré qu'un élément de [[symétrie bilatérale]] est souvent présent. La symétrie bilatérale fait référence à une molécule ou à un système qui contient une identité de groupe de points C<sub>2</sub>, C<sub>s</sub> ou C<sub>2v</sub>. La symétrie C<sub>2</sub> tend à être beaucoup plus abondante que les autres types de symétrie bilatérale. Cette découverte nous éclaire sur la façon dont ces composés pourraient être créés mécaniquement, tout en nous donnant un aperçu des propriétés thermodynamiques qui les rendent plus favorables. La [[théorie fonctionnelle de la densité]] (DFT), la [[Hartree-Fock]] et les calculs [[Méthode quantique semi-empirique|semi-empiriques]] montrent également une certaine favorabilité pour la dimérisation dans les produits naturels en raison de l'évolution de plus d'énergie par liaison que le trimère ou le tétramère équivalent. Il est proposé que cela soit dû à un [[Effet stérique|obstacle stérique]] au cœur de la molécule, car la plupart des produits naturels dimérisent et trimérisent de façon tête-à-tête plutôt que tête-bêche<ref name="pmid15270568">{{article|titre=Molecular bilateral symmetry of natural products: prediction of selectivity of dimeric molecules by density functional theory and semiempirical calculations|journal=Journal of Natural Products|volume=67|numéro=7|date=juillet 2004|pmid=15270568|doi=10.1021/np049899e|pages=1141–6|auteurs=Voloshchuk T, Farina NS, Wauchope OR, Kiprowska M, Haberfield P, Greer A}}</ref>.

== Recherche et enseignement ==
Les activités de recherche et d'enseignement liées aux produits naturels relèvent d'un certain nombre de domaines universitaires différents, notamment la [[chimie organique]], la [[chimie pharmaceutique]], la [[pharmacognosie]], l'[[ethnobotanique]], la [[médecine traditionnelle]] et l'[[ethnomédecine]]. Parmi les autres domaines biologiques se trouvent la [[biologie chimique]], l'[[écologie chimique]], la [[chimiogénomique]] et la [[biologie des systèmes]].

=== Chimie ===
La chimie des produits naturels est un domaine distinct de la recherche chimique qui a joué un rôle important dans l'[[histoire de la chimie]], l'approvisionnement en substances dans les premières recherches précliniques sur la découverte de médicaments, la compréhension de la [[médecine traditionnelle]] et de l'[[ethnopharmacologie]], l'évolution de la technologie associée aux [[Chromatographie en phase liquide-spectrométrie de masse|séparations chimiques]], le développement de méthodes modernes pour déterminer la [[structure chimique]] par [[résonance magnétique nucléaire]] et autres techniques, ainsi que pour identifier des zones pharmacologiquement utiles dans l'espace de diversité chimique{{référence nécessaire|date=juillet 2014}}.

De plus, les produits naturels sont préparés par [[synthèse organique]] et ont joué un rôle central dans le développement du domaine de la chimie organique en fournissant des cibles et des problèmes extrêmement stimulants pour la [[Synthèse totale|stratégie et les techniques de synthèse]]<ref name="Heathcock_1996" />{{,}}<ref name="Nicolaou_2000" />. À cet égard, les produits naturels jouent un rôle central dans la formation de nouveaux chimistes en synthèse organique et sont une motivation principale dans le développement de nouvelles variantes d'anciennes réactions chimiques telle que la réaction d'[[aldolisation]], ainsi que dans la découverte de réactions chimiques complètement nouvelles comme la {{Lien|langue=en|trad=Woodward cis-hydroxylation|fr=Cis-hydroxylation de Woodward|texte=cis-hydroxylation de Woodward}}, l'[[époxydation de Sharpless]], et les réactions croisées [[Réaction de Suzuki|Suzuki-Miyaura]]){{référence nécessaire|date=juillet 2014}}.

=== Biochimie ===
Des recherches sont en cours pour comprendre et manipuler les voies biochimiques impliquées dans la synthèse de produits naturels dans les plantes. On espère que ces connaissances permettront de produire de façon plus efficace et plus économique des phytochimiques utiles sur le plan médical, comme les alcaloïdes<ref name="WWS2013">{{article|auteurs=Glenn WS, Runguphan W, O'Connor SE|titre=Recent progress in the metabolic engineering of alkaloids in plant systems|journal=Current Opinion in Biotechnology|volume=24|numéro=2|pages=354–65|date=avril 2013|pmid=22954587|doi=10.1016/j.copbio.2012.08.003|pmc=3552043}}</ref>.

== Histoire ==
[[Fichier:Antoine_Laurent_Lavoisier._Lithograph_by_Z._Belliard_after_J_Wellcome_V0003416.jpg|droite|vignette|257x257px|Antoine Lavoisier (1743-1794)]]
[[Fichier:Richard_Willstätter.jpg|droite|vignette|291x291px|Richard Willstätter (1872-1942)]]
[[Fichier:Robert_Robinson_organic_chemist.jpg|droite|vignette|283x283px|Robert Robinson (1886-1975)]]

=== Fondements de la chimie des produits organiques et naturels ===
Le concept de produit naturel remonte au début du {{XIXe siècle}}, lorsque les bases de la [[chimie organique]] ont été posées. Elle était considérée à l'époque comme la chimie des substances qui composent les plantes et les animaux. Il s 'agissait d'une forme relativement complexe de la chimie qui se dressait en contraste frappant avec la [[Chimie Inorganique|chimie inorganique]], dont les principes avaient été établis en 1789 par le Français [[Antoine Lavoisier]] dans son livre ''[[Traité élémentaire de chimie|Traité Élémentaire de Chimie]]<ref name="ACS_ Lavoisier_Landmark">{{lien web|titre=Antoine Laurent Lavoisier The Chemical Revolution|url=http://www.acs.org/content/acs/en/education/whatischemistry/landmarks/lavoisier.html|série=International Historic Chemical Landmark|éditeur=American Chemical Society}}</ref>''.

=== Isolement ===
Lavoisier a montré à la fin du {{XVIIIe siècle}} que les substances organiques comprenaient un nombre limité d'éléments : principalement du carbone et de l'hydrogène, complétés par l'oxygène et l'azote. Il s'est rapidement concentré sur l'isolement de ces substances, souvent parce qu'elles avaient une activité pharmacologique intéressante. Les plantes étaient la principale source de ces composés, en particulier les [[alcaloïde]]s et les [[glycoside]]s. On savait depuis longtemps que l'opium, un mélange collant d'alcaloïdes ([[codéine]], [[morphine]], [[noscapine]], [[thébaïne]] et [[papavérine]]) provenant du [[Pavot somnifère]], possédait des propriétés narcotiques tout en modifiant l'humeur. En 1805, la morphine avait déjà été isolée par le chimiste allemand [[Friedrich Wilhelm Adam Sertürner|Friedrich Sertürner]], puis on a découvert dans les années 1870 que l'ébullition del morphine avec de l'[[anhydride acétique]] produisait une substance ayant un fort effet antidouleur : l'héroïne<ref name="Dias_2012">{{article|langue=en|titre=A historical overview of natural products in drug discovery|journal=Metabolites|volume=2|numéro=4|année=2012|pmid=24957513|pmc=3901206|doi=10.3390/metabo2020303|pages=303–36|auteurs=Dias DA, Urban S, Roessner U}}</ref>. En 1815, [[Eugène Chevreul]] a isolé le [[cholestérol]], une substance cristalline, à partir de tissus animaux appartenant à la classe des stéroïdes, tandis que la [[strychnine]], un alcaloïde, a été isolée en 1820{{Référence souhaitée|date=7 mars 2019}}.

=== Synthèse ===
[[Fichier:Friedrich_woehler.jpg|vignette|278x278px|Friedrich Wöhler (1800-1882)|alt=|gauche]]
Une deuxième étape importante a été la synthèse des composés organiques. Alors que la synthèse de [[Substance inorganique|substances inorganiques]] était connue depuis longtemps, la synthèse de substances organiques était un obstacle difficile. En 1827, le chimiste suédois [[Jöns Jacob Berzelius]] soutenait qu'une force indispensable de la nature pour la synthèse des composés organiques, appelée {{Citation|[[force vitale]]}} était nécessaire. Cette idée philosophique, le [[vitalisme]], avait jusqu'au {{XIXe siècle}} de nombreux partisans, même après l'introduction de la [[théorie atomique]]. L'idée du vitalisme s'accordait particulièrement bien avec les croyances de la médecine ; les pratiques de guérison les plus traditionnelles croyaient que la maladie était le résultat d'un certain déséquilibre dans les énergies vitales qui distingue la vie de la non-vie. En 1828, le chimiste allemand [[Friedrich Wöhler]] réussit à synthétiser l'[[urée]], un produit naturel présent dans l'[[urine]], en chauffant du [[cyanate d'ammonium]], une substance inorganique, pour tenter de briser l'idée du vitalisme en science<ref>{{article|langue=de|prénom1=F|nom1=Wöhler|titre=Ueber künstliche Bildung des Harnstoffs|journal=Annalen der Physik und Chemie|volume=88|numéro=2|date=1828|doi=10.1002/andp.18280880206|bibcode=1828AnP....88..253W|pages=253–256|traduction titre=About the artificial formation of urea}}</ref> :

: <math>\mathrm{NH_4OCN\ \xrightarrow {\ \ 60^{\circ}C \ \ }\ H_2NCONH_2}</math>

Cette réaction a prouvé qu'il n'y avait pas besoin d'une force vitale pour préparer des substances organiques. Mais cette idée a d'abord été accueillie avec beaucoup de scepticisme et ce n'est que 20 ans plus tard, avec la synthèse de l'acide acétique à partir du carbone par [[Adolph Wilhelm Hermann Kolbe|Hermann Kolbe]], que l'idée fut acceptée. Depuis, la chimie organique est devenue un domaine de recherche indépendant consacré à l'étude des composés contenant du carbone, puisque cet élément commun a été détecté dans diverses substances d'origine naturelle. Un facteur important dans la caractérisation des matières organiques était basé sur leurs propriétés physiques (telles que le point de fusion, le point d'ébullition, la solubilité, la cristallinité ou la couleur){{Référence souhaitée|date=7 mars 2019}}.

=== Théories structurelles ===
Une troisième étape a été l'élucidation de la structure des substances organiques : bien que la composition élémentaire des substances organiques pures (qu'elles soient d'origine naturelle ou synthétique) puisse être déterminée assez précisément, la structure moléculaire reste un problème. L'envie de l’élucider vient d'une controverse entre les chimistes Friedrich Wöhler et [[Justus von Liebig]], qui ont tous les deux étudié un sel d'argent de la même composition, mais avec des propriétés différentes. Wöhler a étudié le [[cyanate d'argent]], une substance inoffensive, tandis que von Liebig a étudié le [[fulminate d'argent]], un sel aux propriétés explosives<ref name="Justus von Liebig and Friedrich Wöhler">{{lien web|titre=Justus von Liebig and Friedrich Wöhler|url=https://www.sciencehistory.org/historical-profile/justus-von-liebig-and-friedrich-w%C3%B6hler|série=Science History Institute}}</ref>. L'analyse élémentaire montre que les deux sels contiennent des quantités égales d'argent, de carbone, d'oxygène et d'azote. Selon les idées qui prévalaient à l'époque, les deux substances devaient posséder les mêmes propriétés, mais ce n'était pas le cas<ref name=":0">{{article|langue=de|prénom1=August|nom1=Kekulé|titre=Ueber die Constitution und die Metamorphosen der chemischen Verbindungen und über die chemische Natur des Kohlenstoffs|journal=Annalen der Chemie und Pharmacie|volume=106|numéro=2|date=1858|doi=10.1002/jlac.18581060202|pages=129–159|traduction titre=Concerning the constitution and the metamorphosis of the chemical compounds and the chemical nature of the carbon}}</ref>.

Cette contradiction apparente a été résolue plus tard par la théorie des [[Isomérie|isomères]] de [[Berzélius]] qui affirme que non seulement le nombre et le type d'éléments sont importants pour les propriétés et la réactivité chimique, mais aussi la position des atomes dans un composé. C'est une cause directe du développement des théories structurelles, comme la théorie radicale de [[Jean-Baptiste Dumas (chimiste)|Jean-Baptiste Dumas]] et la théorie de la substitution d'[[Auguste Laurent]]<ref>{{article|langue=de|prénom1=Justus|nom1=Liebig|titre=Ueber Laurent's Theorie der organischen Verbindungen|journal=Annalen der Pharmacie|volume=25|numéro=1|date=1838|doi=10.1002/jlac.18380250102|pages=1–31|traduction titre=About Laurent 's theory of organic compounds}}</ref>. Toutefois, il a fallu attendre jusqu'en 1858 avant qu'[[August Kekulé]] ne formule une théorie de structure définitive. Il postule que le carbone est [[Tétravalence|tétravalent]] et qu'il peut se lier à lui-même pour former des chaînes de carbone lorsqu'il est présent dans les produits naturels<ref name=":0" />.

=== Élargissement du concept ===
[[Fichier:Убеншвуаншвышь.jpg|droite|vignette|283x283px|Hermann Emil Fischer (1852-1919)]]
Le concept de produit naturel, initialement basé sur des composés organiques pouvant être isolés des plantes, a été étendu à la matière animale au milieu du {{XIXe}} siècle par l'Allemand [[Justus von Liebig]]. En 1884, [[Hermann Emil Fischer]] a porté son attention sur l'étude des glucides et des purines, travaux pour lesquels il a reçu le prix Nobel en 1902. Il a également réussi à fabriquer synthétiquement en laboratoire une variété d'hydrates de carbone, dont le [[glucose]] et le [[mannose]]. Après la découverte de la [[pénicilline]] par [[Alexander Fleming]] en 1928, les champignons et autres micro-organismes ont été ajoutés à l'arsenal des sources de produits naturels<ref name="Dias_2012" />.

=== Étapes clés ===
Dans les années 1930, plusieurs grandes catégories de produits naturels étaient connues. Parmi les découvertes importantes se trouvent notamment{{Référence souhaitée|date=7 mars 2019}}:
* les [[terpène]]s, d'abord systématiquement étudié par [[Otto Wallach]] (Prix Nobel 1910) et plus tard par [[Lavoslav Ružička|Leopold Ružička]] (Prix Nobel 1939) ;
* les colorants à base de [[porphine]]s (dont la [[chlorophylle]] et l'[[hème]]), étudiés par [[Richard Willstätter]] (Prix Nobel 1915) et [[Hans Fischer]] (Prix Nobel 1930) ;
*les [[stéroïde]]s, étudiés par [[Heinrich Otto Wieland]] (Prix Nobel 1927) et [[Adolf Windaus]] (Prix Nobel 1928) ;
* les [[caroténoïde]]s, étudiés par [[Paul Karrer]] (Prix Nobel 1937) ;
* les [[vitamine]]s, étudiés notamment par Paul Karrer, [[Adolf Windaus]], [[Robert R. Williams]], [[Walter Norman Haworth]] (Prix Nobel 1937), [[Richard Kuhn]] (Prix Nobel 1938) et [[Albert Szent-Györgyi]] ;
* les [[hormone]]s, étudiées par [[Adolf Butenandt]] (Prix Nobel 1939) et [[Edward Calvin Kendall]] (Prix Nobel 1950) ;
* les alcaloïdes et les [[anthocyane]]s, étudiés notamment par [[Robert Robinson]] (Prix Nobel 1947).

== Voir aussi ==

* [[Appel à la nature]]
* [[Ethnobotanique]]
* [[Pharmacognosie]]
* [[Herboristerie]]
* [[Métabolite secondaire]]

=== Journaux scientifiques ===

* ''{{Lien|langue=en|trad=Chemistry of Natural Compounds|fr=Chemistry of Natural Compounds}}''
* ''[[Journal of Natural Products]]''
* ''[[Natural Product Reports]]''
* ''{{Lien|langue=en|trad=Natural Product Research|fr=Natural Product Research}}''
{{clear}}

== Notes et références ==
{{Traduction/Référence|en|Natural product|886945196}}
{{Références nombreuses|taille=25}}

== Bibliographie ==

* {{Ouvrage|langue=en|auteurs=Bhat SV, Nagasampagi BA, Sivakumar M|titre=Chemistry of Natural Products|lieu=Berlin|éditeur=Springer|année=2005|numéro d'édition=2|pages totales=840|isbn=3-540-40669-7}}
* {{Ouvrage|auteur1=Hanson JR|titre=Natural Products|sous-titre=The Secondary Metabolites|éditeur=[[Royal Society of Chemistry]]|année=2003|isbn=0-85404-490-6}}
* {{Ouvrage|auteurs=Kaufman PB|titre=Natural Products from Plants|éditeur=[[CRC Press]]|année=1999|isbn=0-8493-3134-X}}
* {{Ouvrage|editor=Liang XT, Fang WS|titre=Medicinal Chemistry of Bioactive Natural Products|éditeur=[[Wiley-VCH|Wiley-Interscience]]|année=2006|pages totales=336|isbn=0-471-73933-2|lire en ligne=https://books.google.com/books?id=U_Mdo_NjAHUC&printsec=frontcover}}
* {{article|prénom1=Adriano|nom1=Rutz|prénom2=Maria|nom2=Sorokina|prénom3=Jakub|nom3=Galgonek|prénom4=Daniel|nom4=Mietchen|titre=The LOTUS initiative for open knowledge management in natural products research|journal=eLife|volume=11|date=26 May 2022|pmid=35616633|doi=10.7554/eLife.70780|pages=e70780|nom5=Willighagen|prénom5=Egon|nom6=Gaudry|prénom6=Arnaud|nom7=Graham|prénom7=James G|nom8=Stephan|prénom8=Ralf|nom9=Page|prénom9=Roderic|nom10=Vondrášek|prénom10=Jiří|nom11=Steinbeck|prénom11=Christoph|nom12=Pauli|prénom12=Guido F|nom13=Wolfender|prénom13=Jean-Luc|nom14=Bisson|prénom14=Jonathan|nom15=Allard|prénom15=Pierre-Marie|s2cid=249064853}}

== Liens externes ==
{{Autres projets|commons=Category:Natural products}}
{{Liens}}
*{{lien web|url=http://www.cem.msu.edu/~reusch/VirtualText/biomol.htm|archive-url=https://web.archive.org/web/20070203050704/http://www.cem.msu.edu/~reusch/VirtualText/biomol.htm|archive-date=3 February 2007|dead-url=yes|titre=Natural Products page|prénom=William|nom=Reusch|date=2010|série=Virtual Textbook of Organic Chemistry|lieu=Ann Arbor, Mich.|éditeur=Michigan State University, Department of Chemistry}}
*{{lien web|url=http://c13.usal.es|titre=NAPROC-13 Base de datos de Carbono 13 de Productos Naturales y Relacionados (''Carbon-13 Database of Natural Products and Related Substances'')|série=Spanish language tools to facilitate structural identification of natural products}}
<!-- ce modèle n'existe pas | *{{WD1913|no-prescript=1|title=Natural product|name-list-format=vanc}} -->
*https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiProject_Chemistry/Natural_products

{{Palette|Éléments de la nature}}
{{Portail|chimie|Médecine}}

[[Catégorie:Composé chimique]]